我國微生物肥料這幾年可以說是蓬勃發展。主要體現在：1.產業體系形成，農業部登記的產品種類有11個，1400多個證。全國目前約有800多家微生物肥料企業，年產量超過500萬噸。2.微生物肥料菌種種類不斷擴大，所用菌種已不限于根瘤菌，目前使用菌種達到80多種。3.微生物肥料的應用效果在增產、改質、減少化肥用量、防病等方面逐漸被農民認識，應用面積不斷擴大。4.質檢標準體系基本形成。農業部將微生物肥料納入國家檢驗登記管理范疇，對微生物肥料的生產、銷售、應用、宣傳等方面進行監管。5.少數產品開始進入國際市場。
微生物肥料的主要種類有多種分類方法。按其產品類型劃分：農用微生物菌劑、生物有機肥、復合微生物肥料。按微生物種類劃分：根瘤菌、固氮菌、芽孢桿菌、光合細菌、纖維素分解菌、乳酸菌、酵母菌、放線菌和真菌等，其中以根瘤菌、芽孢桿菌類的研究最深入、應用最廣泛。當前我國生產上使用的菌種主要為根瘤菌、固氮菌、解磷菌、解鉀菌、放線菌及生防促生菌等。按產品劑型劃分：液體、粉體、顆粒。
其發展趨勢有以下三點：1.由單一菌種向復合菌種轉化。一般都是復合兩到五種菌，有的說用了100多種菌，那可能是在糊弄人。2.由單純生物菌劑向復合生物肥轉化。因為缺乏了養分，農民不愿意接受，為了市場的需求必須這樣做。3.由單一劑型品種向多元化轉化。比如，根據不同情況需要與摻混肥、配方肥配合使用的，還有需要機播的等等，為了適應不同的施用方法，需要多元化的劑型。
生物肥料各有各的作用，不同的肥有不同的作用。比如說有降解污染的、分解農藥殘留的、秸稈腐熟的、抗病防蟲的、促生的等等。它的功能作用歸納起來主要是兩個方面：一是提高化肥養分有效利用率；二是抗旱能力的提高和增強植物的抗病蟲能力；三是促進生長，主要目的是改良土壤。
