近年來，我國生物肥料專利增加較快，個別生物肥料企業已經或即將進入其他國家市場。
據統計，截至2011年8月，獲得農業部正式登記的微生物肥料品種有621種，臨時登記的品種有648種。現有生物肥料企業500余家，年產量450萬噸、應用面積666.7萬公頃、產值80億元，在生產中發揮了較大作用。
但是由于我國人口基數大，當前農業追求單位面積產量，過度使用化肥，化肥利用率呈逐年下降趨勢。其中我國氮肥平均施用量將近是美國的3倍，化肥的過度施用造成了土壤結構破壞、自然界生物多樣性和生態系統穩定性降低、江河湖泊的富營養化、農產品質量下降等一系列較為嚴重的問題。
同時，我國生物肥料的研究開發模式仍較為傳統，以大學、科研單位作為創新主體完成的技術與產品研發無法快速、有效地轉化為企業的產品；我國現有的生物肥料生產企業多數規模較小，設備工藝不足，還沒有成為生物肥料的創新主體。
國家雖然在生物肥料方面實行登記管理制度，但管理力度和有關政策有待完善；生物肥料的宣傳、生產和銷售還沒有很好地結合在一起，農業經營者在生物肥料上的認識還不夠，其銷售比例在全國肥料中比重偏低。
