關稅水平總體有所降低，劃分更加細致。下半年國內化肥市場完全沒有了上半年的火熱情形，銷售淡季加上主要原材料價格下跌導致產品價格持續下跌，出口受限致使市場供大于求，化肥企業經營狀況急轉直下，陷入困境。其中磷肥行業形勢最為嚴峻，硫磺價格一個季度內暴跌去8成，加之又處消費淡季，下游客戶觀望情緒濃烈，需求急劇萎縮且出口被堵，產品價格快速下跌，磷酸一銨(MAP)價格三季度以來已被腰斬，磷酸二銨(DAP)價格也在繼續走低。國內磷肥企業生產負荷嚴重降低，庫存積壓無法消化，幾乎面臨全行業虧損。氮肥行業整體供過于求，7月淡季以來，產品價格持續走弱，而主要原材料煤炭價格回落滯后，給氮肥生產帶來很大成本壓力，行業大面積停產。
新化肥出口關稅政策是在政府調研化肥市場和企業并聽取行業專家意見后的得出結果，總的來看，新化肥出口關稅降低了企業出口稅賦，比如尿素，旺季特別關稅從150%降低至75%，下調一半；淡季關稅最低可至10%，較2008年的25%和30%也有較大幅度下調。另外，新化肥出口關稅在淡旺季的劃分上具體至月份，同時考慮了不同化肥品種之間的淡旺季區別，分別設定關稅，顯得更加科學、細致。
權衡國內外市場，設定基準價。與以往關稅政策不同的是，本次新出口關稅為氮、磷肥出口分產品設定了淡季出口基準價。淡季出口時，若出口價低于基準價，則適用10%的出口關稅；若出口價高于基準價，則按公式計算出口關稅(稅率=(1.1-基準價格/出口價格)*100，不同產品基準價見附表)。基準價的設定一方面表明政府控制國內化肥價格的初衷仍未改變，必須考慮國內農民承受能力，不希望生產企業為追求利潤大量出口，從而拉高國內價格，因此對高過基準價的出口征收高于10%的關稅，出口價越高，關稅越高；另一方面也表明政府開始考慮生產企業的生存狀況，允許適當出口，而不是像2008年一樣基本堵死出口。總體而言，新出口關稅政策在一定程度上能夠緩解氮、磷肥行業產能過剩的壓力，平緩國內市場價格旺季暴漲、淡季暴跌的局面，對生產企業更溫和，有利于企業提高經營效益。
基準價設定較高，企業出口熱情將重獲燃燒。目前國內市場尿素出廠價為1600-1700元/噸，磷酸二銨為2700-3200元/噸，磷酸一銨為1800-2000元/噸，而這三種產品的基準價分別為2300元/噸、4000元/噸、3700元/噸，可見出廠價和基準價差距不小。在國內處于消費淡季，需求疲軟的情況下，企業的出口熱情將重獲燃燒。
磷肥行業受益程度高于氮肥。結合國際市場來看，由于國際上尿素主要以天然氣為原料，而天然氣價格跌幅高于煤炭，致使國際尿素價格跌幅也高于國內。二季度國際尿素價格基本在700-850美元/噸，目前小顆粒FOB價在230-250美元/噸(折人民幣1564-1700元/噸)，大顆粒在250-280美元/噸(折人民幣1700-1904元/噸)，國內尿素出廠價加上運輸、倉儲、保險等費用后與國際市場價格已十分接近，年內出口并無大利可圖，因此12月1日尿素出口難以迅速恢復旺盛。短期而言，出口關稅下調對尿素的影響在于緩解市場看跌情緒，阻止國內價格進一步下跌。2009年，根據預測國內煤炭價格還將有較大幅度下跌，國內尿素企業成本會進一步降低，而國際天然氣價格由于前期已大跌，后期應相對穩定，國際尿素價格易漲難跌，因此2009年尿素企業出口獲利能力會高過目前，企業在淡季出口預計可獲得合理盈利。
磷肥情況與氮肥不同，國內磷礦價格遠低于國際市場，硫磺價格與國際市場基本一致，因此國內企業磷肥市場成本低于國外。以硫磺900元/噸，磷礦400元/噸，合成氨2800元/噸測算，國內DAP生產成本在2100-2200元/噸，雖然國際DAP的FOB價也從高位的1100-1200美元/噸跌至目前的550-650美元/噸(折3740-4420元/噸)，但其間差價仍達到1600-2200元/噸，扣除運輸、倉儲、保險等費用和淡季10%出口關稅后，企業仍有1100-1600元/噸左右的盈利。國內磷肥恢復出口后國際市場價格有進一步下行的可能，考慮到即使國際市場DAP價格跌至500美元/噸，出口仍有較好回報，因此12月1日開始，國內磷肥出口將恢復旺盛。
