以企業(yè)為主體的商業(yè)化育種新機(jī)制實施兩年來進(jìn)展緩慢。兩會期間，來自種業(yè)界的一些全國人大代表在分析原因時指出，當(dāng)前商業(yè)化育種面臨兩大問題：一是育種的商業(yè)性和公益性在實踐中難以劃分，科研院所退出商業(yè)化育種領(lǐng)域存在實際困難；二是受傳統(tǒng)育種科研體制制約，民族種企短期內(nèi)還難以扮演種業(yè)創(chuàng)新的主體角色。
2011年，國務(wù)院頒發(fā)的《關(guān)于加快推進(jìn)現(xiàn)代農(nóng)作物種業(yè)發(fā)展的意見》提出建立以種子企業(yè)為主體的商業(yè)化育種機(jī)制，要求科研院校退出商業(yè)化育種領(lǐng)域，轉(zhuǎn)向公益性和基礎(chǔ)性研究。
全國人大代表、河南農(nóng)科院小麥研究所所長許為剛說，《意見》進(jìn)行這樣的功能劃分，初衷是為了解決科研體制存在的弊端，加快發(fā)展中國種業(yè)，應(yīng)對國外種企咄咄逼人的態(tài)勢，這種劃分符合國際潮流，對種業(yè)發(fā)展是必要的。但是在實踐中，育種的商業(yè)性和公益性難以區(qū)分。育種是以產(chǎn)品創(chuàng)造為目標(biāo)的應(yīng)用科學(xué)，公益性和商業(yè)性之間存在必然聯(lián)系。更重要的是，現(xiàn)代生物育種不僅是要揭示某種自然規(guī)律，而且還要獲得知識產(chǎn)權(quán)。可以設(shè)想，如果沒有知識產(chǎn)權(quán)，將來搞育種就會面臨無米之炊的尷尬局面。在這個意義上，基礎(chǔ)性研究又是商業(yè)性研究。
除了育種科學(xué)本身的特殊性外，基于中國種企整體實力落后的現(xiàn)狀，一些代表認(rèn)為，民族種企要承擔(dān)起育種創(chuàng)新主體的重任尚需時日。全國人大代表、安徽省宿州農(nóng)科院副研究員楊杰表示，做大、做強(qiáng)企業(yè)是國家針對國外種企逐步占領(lǐng)中國市場的嚴(yán)峻局面而采取的科學(xué)措施，但因中國多年來育種工作一直由科研院所承擔(dān)，種企僅負(fù)責(zé)市場銷售，如果科研院所現(xiàn)在完全從商業(yè)化育種領(lǐng)域退出，種企短期內(nèi)難以成長為創(chuàng)新主體。
全國人大代表、冠豐種業(yè)董事長方才臣則認(rèn)為，建立以企業(yè)為主體、以市場為導(dǎo)向、產(chǎn)學(xué)研相結(jié)合的技術(shù)創(chuàng)新體系是未來種業(yè)發(fā)展的必然方向，而要讓企業(yè)成為創(chuàng)新主體，關(guān)鍵是要制定政策，讓資金、項目和人才向企業(yè)流動。他說，目前社會有一種不好的現(xiàn)象，就是大家都不愿意到企業(yè)來，而在國外，很多尖端人才都集中在企業(yè)。以美國孟山都為例，一個公司擁有兩位諾貝爾獎獲得者。此外，他還建議，政府在資金扶持上不能像過去撒胡椒面似的面面俱到，要重點投放，因為分散只能帶來低水平的重復(fù)，難以將種業(yè)做精、做細(xì)。
