目前，中國微生物肥料包括微生物菌劑類產(chǎn)品和由菌劑與營養(yǎng)物質(zhì)復合而成的菌肥類產(chǎn)品兩大類。2007年以來，中國微生物肥料產(chǎn)能和產(chǎn)量穩(wěn)步增長。其中產(chǎn)能規(guī)模從2007年的約630萬噸增加到2011年的840萬噸，預計2012年將達到930萬噸左右。年產(chǎn)量從2007年的約307萬噸增加到2011年的457萬噸，自2007年以來，年均增長率約為10.5%；預計2012年將達到540萬噸左右。
　　微生物肥料的優(yōu)勢在于其對農(nóng)作物產(chǎn)生的綜合生態(tài)效應，即能充分利用微生物之間的相互作用，增強功能微生物的作用，抑制病原菌的侵染；充分利用各種有機廢棄物，充分發(fā)揮有機、無機和微生物的作用；兼顧改善營養(yǎng)、刺激生長、增強抗病性、提高抗逆性、除草、提高產(chǎn)量和改善品質(zhì)等多種功效。
　　但微生物肥料不能完全替代傳統(tǒng)化肥，只是后者的有益補充，促進作物更高效的吸收利用化肥。而微生物肥料產(chǎn)品價格普遍偏高（與同養(yǎng)分濃度的化肥產(chǎn)品相比，高出50%甚至100%以上），這使得微生物肥料在種植收益較低的糧食作物領域并不占有優(yōu)勢。此外，微生物肥料的功效已得到人們的認可，但還缺乏足夠的穩(wěn)定性，也是導致其競爭力減弱的一個重要原因。
　　在生產(chǎn)工藝和產(chǎn)品定位層面，微生物肥料是最為混亂的新型肥料市場之一。主要表現(xiàn)在：產(chǎn)品中所用的微生物分類地位不明；微生物肥料中需要加入大量基質(zhì)（即載體），但究竟是基質(zhì)還是特定微生物起到肥效作用，目前尚無定論；微生物容易產(chǎn)生變異，經(jīng)過長期使用，不斷的傳代，會失去某些優(yōu)良性狀而產(chǎn)生退化現(xiàn)象；目前微生物肥料沒有統(tǒng)一的檢測方法，特別是對菌種的測定、活菌數(shù)量的檢測，費時、費力、精確度不高，影響誤差因素較多。
　　上述問題使得微生物肥料的行業(yè)風險極易被放大，尤其是對于在技術相對領先的企業(yè)，將面臨假冒偽劣產(chǎn)品的惡性競爭。

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