雖然化肥工業在整個石化工業中的比重逐年下降，但在農業大國中的地位依然不可動搖。“十一五”期間化肥工業取得了不小的成績，不過發展中存在的一些問題也有目共睹。
目前，化肥行業面臨的能源資源約束越來越突出。化肥工業消費的煤炭占煤炭總產量比例低，議價能力差；國家天然氣價格改革方案已經出臺，化肥用天然氣計劃價格維持困難；硫資源價格主要由國際市場決定，對外依存度高；國產鉀、進口鉀、境外鉀肥基地三足鼎立局面尚未形成，已對農業生產和糧食安全構成威脅。
產業集中度仍有待提高，產能過剩問題依然存在。氮肥目前產能過剩20%，大量高濃度磷肥產能需要通過出口消化，如何合理淘汰落后產能保持產能平穩和有序競爭是政府和行業面臨的重要問題。
農化服務和科學施肥發展緩慢。復合肥和新型肥料行業魚龍混雜，推進科學施肥難度大。雖然關于我國肥料利用率的說法尚無權威數據，但局部地區確實存在過量施用和肥料利用率不高的問題，提高肥料利用率任務緊迫。基礎肥料企業如何貫穿肥料生產—農化服務—科學施肥的整個鏈條，實現效益最大化，長期以來未有好的模式。
“十二五”期間，化肥剛性需求依然存在，但我國化肥消費正在趨向峰值。“十一五”期間化肥年消費量在6300萬～6600萬噸，在此基礎上，我們提出了2015年化肥需求6610萬噸的目標。這一目標是預測性的，兼顧了工業、農業、科學施肥等因素，但實際消費可能低于此目標。
根據化肥工業目前存在的問題，《化肥工業“十二五”發展規劃》提出了行業“十二五”發展主要目標和重點任務。首先要保證供應，維持產品價格的基本穩定。氮肥、磷肥繼續保持自給有余，鉀肥保障能力由56%提高到60%以上，肥料品種和服務基本滿足科學施肥的需要。總量不宜大幅增長，而是以優勢產能替代落后產能為主。
在產業集中度上，到2015年，氮肥、磷肥和復混肥企業數量要大幅減少，大中型氮肥企業產能比重達到80%以上，大型磷肥企業產能比重達到70%以上，2家大型鉀肥企業集團規模進一步壯大。要加快兼并重組，鼓勵化肥企業和能源企業重組，提升整體規模效應，解決原料保障問題。
在產品結構上，不再強調高濃度肥料的比例，“十二五”品種優化主要以提高肥效、提高肥料利用率、降低污染、降低農業成本為目標。主要包括進一步提升尿素、磷銨等基礎肥料的質量，發展硝基肥料、液體肥料、緩控釋肥、新型鉀肥等多元肥料，鼓勵復合肥料、中微量元素肥料等。
在技術進步上，采用先進煤氣化技術的氮肥產能比例要從目前的15%提高到30%，年產45萬噸合成氨和80萬噸尿素（或以上規模）裝置要實現自主化。不斷提高中低品位磷礦石和磷石膏的利用效率和水平。氯化鉀生產技術要不斷提高，鹽湖鹵水制取硫酸鉀技術要進一步完善。摻混肥料技術和裝備要實現產業化。
在產業布局上，鼓勵企業在內蒙古、新疆、寧夏、黑龍江等能源產地和糧棉大省建設大型尿素基地。對已建成的滇、黔、鄂、川大型磷肥基地進行深加工、精細化、綜合利用等方面的完善。對青海鉀肥基地進行資源配置優化，新疆則要推進鉀肥二期項目的建設，但重點是要突破境外鉀肥基地的建設，力爭2015年在境外建成200萬噸氯化鉀生產基地。在重點消費區域建設復（摻）混肥的加工、分銷和應用體系。
為實現上述目標和任務，國家應針對化肥工業的技術改造，繼續給予資金、政策的支持。制定相關的準入條件，并對于退出企業和淘汰的落后產能制定一定的補償政策，為技術創新的企業配套支持政策。在市場調控方面，政府要保持進出口政策的穩定，進一步完善向生產企業傾斜的淡季商業儲備制度，以及不以盈利為目的的國有儲備制度。國家發改委、工信部和行業協會要加強對行業的運行監測。
對化肥企業來講，如何實現轉型升級？轉什么呢？企業要科學、客觀地分析市場競爭情況和企業競爭能力，明確企業的發展方向，是做單純的化肥企業還是轉型為綜合性化工企業，還是放棄化肥產業。
化肥企業之間或與能源企業的聯合，要根據企業的特點和能力針對性地尋找聯合對象。根據條件，研究把東部地區的化肥產能轉移到具備資源優勢的西部地區的可能性。加強服務體系建設，延伸化肥產業鏈，實現上下游一體化發展。企業要探討國際化和“走出去”的可能性，成熟的氮肥、磷肥企業可以輸出技術裝備，鉀肥企業則要探討建設海外基地的可能性。
