產業集中度較低，企業規模較小。我國現有農藥原藥生產企業500 多家，布局分散，規模較小，至今尚無具有國際競爭能力的龍頭企業，前10 家農藥企業銷售收入占全行業的比例僅為21.9%，銷售額5000 萬元以下的原藥生產企業約占50%。
科技創新能力弱，技術裝備水平低。目前我國農藥品種仍以仿制為主。絕大多數農藥企業研發投入占銷售收入的比例不到1%，品種檔次、質量與發達國家相比還存在較大差距，基礎研究薄弱，新產品開發后勁不足。目前只有少數企業在個別產品生產中實現了連續化、自動化，大多數企業仍然采用工藝參數集中顯示、就地或手動遙控。
綠色環保產品少，高毒高殘留農藥仍未淘汰。目前，適合我國國情和農業生產方式的綠色環保農藥品種發展緩慢，高毒高殘留農藥品種仍占一定比例，特丁硫磷、甲拌磷、甲基異柳磷等20多種高毒農藥品種仍需進一步削減和替代。
環境資源問題突出，廢棄物缺乏有效處置。農藥原藥生產未反應的原料和副產物回收率低，廢水含鹽高、難降解有機污染物濃度高，一些特殊污染因子缺乏有效的處理手段。大部分原藥生產企業不具備有效處理特殊污染物的能力。制劑中含有毒有機溶劑的品種仍較多。農藥包裝廢棄物回收尚未全面開展。
