各種成本的普遍上漲，也讓化肥企業苦于應對。
首先是生產用電價格上調。國家發展改革委經商國家電監會、國家能源局已經出臺了電價調整方案，自2009年11月20日起將全國電價平均每度提高2.8分，這給氮肥、磷肥企業增加了不少成本。有生產廠家統計，氮肥企業尿素的每噸生產成本將直接提高28-35元。
另外，天然氣價的上調也已經是箭在弦上。據了解，按照用途劃分，中國的天然氣分為民用天然氣、工業用天然氣和化肥用天然氣，不同用途的天然氣價格不同，目前化肥生產用用天然氣的價格一直享受優惠。但有報道稱，有關部門已經向國務院提交天然氣價格改革提案，有可能把生產化肥用的天然氣價格每立方米提高0.3-0.6元。
化肥鐵路運費也在上漲。根據國家發改委和鐵道部下發《關于調整鐵路貨物運輸價格的通知》，自2009年12月13日起，將國家鐵路貨物統一運價平均提高0.007元/噸千米。運營價格由平均每噸千米6.31分提高到7.01分，鐵路建設基金維持現行每噸千米3.3分錢的標準不變。本次上漲后，農用化肥1000千米運距每噸運費上漲5.8元，2000千米運距每噸上漲11.2元。
生產、運輸成本的上漲，是導致2009年末肥料價格走高的直接原因。2010年成本還將如何變動，也在時時撩動肥料業界的神經。
