備受關注的《肥料管理條例》因各方爭議很大，到目前為止尚未正式出臺。
該條例由農業部負責起草，草案早在幾年前就已送到國務院法制辦公室。2006年“兩會”期間，31位人大代表再次提出制定肥料管理法的議案。議案提出，美、加、法、韓、日等國都出臺了肥料方面的管理法規，我國只有農業部制定的《肥料登記管理辦法》，不利于規范肥料生產經營和使用行為，不利于保護企業、農民和農產品消費者的利益，建議制定肥料管理法。全國人大農業與農村委員會對該議案的審議意見是，制定肥料管理條例已經列入國務院2006年立法計劃。議案所提建議可在肥料管理條例中體現。
據了解，在肥料管理方面，我國到目前為止一直實施的是《肥料登記管理辦法》。該《辦法》于2000年6月23日以農業部部長令的形式出臺。多年來，行業協會曾先后向原國家計委、原國家經貿委、國務院減輕企業負擔辦公室、國家發改委、國務院法制辦等部門反映，要求取消這一辦法。
而在被業界寄予厚望的《肥料管理條例》（送審稿）中，肥料登記仍是主要內容。因此，2006年2月28日，磷肥協會向國務院法制辦公室遞交了對農業部《肥料管理條例（送審稿）》的意見，指出該送審稿仍以登記為核心、以收繳和罰款為重點，只是農業部自己制定的《辦法》的擴充和翻版。農業部的《辦法》自實施以來，已引起了眾多化肥生產企業和營銷單位的意見和爭議。如果仍堅持原意，就不符合《行政許可法》，缺乏科學性。2009年5月23日，磷肥協會又提出“關于取消《肥料登記管理辦法》的建議”，指出肥料登記與現行法律、法規、標準內容重復，形成了多頭執法、多頭管理的局面，不利于化肥工業的發展和農業科學施肥，增加了企業負擔；肥料登記管理很難做到公平、公正，容易產生腐敗等。
