'國六條'的推行將對化肥行業產生重大影響，但不同企業所受影響的差異很大。
具體而言，大型氣頭化肥企業將是政策實施后的最大受益者，其次是采用新型煤氣化技術的化肥企業，再其次是與煤炭企業聯姻的化肥企業。而那些規模小，技術落后，能耗高，且沒有資源優勢的中小化肥企業，處境將更加艱難。
氣頭化肥企業的成本優勢十分明顯。按大型化肥企業合成氨消耗天然氣平均970立方米/噸計算，目前，氣頭化肥企業的原料成本僅780～1170元/噸，加上水、電等費用，合成氨綜合加工成本約1600～1800元/噸，比國內合成氨平均成本低300～500元/噸。
新型煤氣化化肥企業競爭力較強。新型煤氣化技術所用原料為煙煤，其價格只有無煙塊煤的一半，具有了較明顯的成本優勢。目前，按噸合成氨消耗1.5噸原料煤、0.9噸動力煤計算，新型煤氣化化肥企業的合成氨原（燃）料成本為1000～1400元/噸，加上水、電等其他費用，其合成氨的綜合加工成本約1700～1900元/噸，比國內合成氨平均成本低200～400元/噸。
擁有煤炭資源或與煤炭企業聯姻的化肥企業也有一定的優勢。這些企業可獲得質優價廉的原料煤。目前，無煙塊煤市場平均價950元/噸，但這些企業可以750～850元/噸的優惠價買到。按噸合成氨消耗1.45噸無煙塊煤計算，其原料成本約1100～1300元/噸，加上水、電等其他費用，噸氨綜合加工成本在2000元/噸左右，較全國平均成本低100元/噸。
中小企業劣勢顯現。中小化肥企業技術落后，能耗高，安全環保壓力大，原料和產品靠公路運輸，成本居高不下。即便在目前原料價格大幅下挫的情況下，其噸氨綜合加工成本仍然高達2300元/噸以上，比全國平均成本高200元/噸以上。化肥價格放開后，雖然優惠政策未變，但要與大型企業在同一價格水平上競爭，其劣勢就十分明顯。隨著時間的推移，會有很多小企業因資金鏈斷裂或無法承受巨虧重壓而紛紛停產倒閉。騰出的市場份額會讓優勢企業來分享，繼而推動我國化肥產業結構不斷調整和優化。
