有資料顯示，我國目前的鉀肥有效利用率僅40%，氮肥有效利用率僅30%，磷肥有效利用率僅20%。施肥過量及隨意施肥造成的不利后果已經顯現出來。雖然我國已經進行了20多年的測土配方施肥工作，但到目前為止，真正能夠實現測土化驗、配方施肥的農戶所占比例不足10%。對此，有關專家呼吁，化肥企業一定要積極參與到測土配方施肥的工作當中，國家也應該建立長期、有效的激勵機制，給這一工作營造健康、良好的發展環境。
2005年開始，國家財政對測土配方施肥進行了大量投入。但這項工作從土壤測試、配方設計、田間試驗直至最后的效果評估都由農業部門'包攬'，測土配方施肥項目補貼由農業部門'獨享'。有些土肥站自建或者暗中參股當地化肥廠家，在農業職能部門的保護下，本來不具備生產配方肥條件的廠家披上了合法外衣，被確定為測土配方定點企業。更有些農技人員將儀器探頭象征性地插入地里，打出一份數據，推薦他們想銷售的肥料，'忽悠'了農民，也影響了這項工作的推廣。還有的為申請更多項目補貼，虛報、夸大工作成績。
專家認為，測土配方施肥是實現農業現代化的主要途徑，利國利民，應該舉政府和企業之力共同完成，尤其是優勢企業應積極參與。企業為實現利潤最大化，基本上都是'區域生產、全國銷售'，產品可以賣到天南海北。企業應在銷售當地采集土樣，生產出配方肥料，再有針對性地進行銷售。不過，測土配方意味著企業要增加更多的人力和工藝成本，影響了企業參與的熱情。這就需要國家建立長效激勵機制，將測土配方施肥堅定地進行下去。
