發達國家農藥生產污染物治理方法通常是焚燒法、化學氧化法及活性碳吸附。這些技術有很好的處理效果，但也需要很高的運行費用。與發達國家相比，中國農藥行業污染物治理與達標情況，無論在管理上、治理技術的應用上以及標準的執行方面都存在一定的差距。我們應借鑒國外經驗并結合國情，從原料到產品全過程控制污染，逐漸與國際接軌。
改進工藝、提高收率永遠是農藥企業追求的目標。如何淘汰落后工藝，到目前還很少有可行的解決辦法。在農藥工業水污染物排放標準實施后，通過標準的執行，把保護先進工藝、淘汰落后工藝法制化，從而在合成工藝中消除或減少廢水排放。
清污分流應該具體到每一個工段。高濃度廢水大部分是有毒的，必須單獨收集，這樣才能便于管理和治理。清污分流屬于農藥企業管理的范疇，是保證高濃度廢水預處理和特征因子處理的基本條件。目前有許多農藥企業沒有搞這種完善的清污分流。混合到一起處理，既達不到處理效果，增加處理難度，又浪費了大量資金，且排入下游會經常產生污染事故，不可降解物在下游某一區域長期積累。
許多原料、中間體、甚至農藥原藥都以廢水的形式排放，而上述成分很多是農藥排放標準中的特征污染物。這些污染物也是可利用的資源，應開發資源回收技術。例如從莠去津廢水中回收莠去津、從2，4-D除草劑廢水中回收2，4-D產品及2，4二氯酚等技術，既回收了有用資源，又能使特征污染物達到排放標準，同時得到環境效益，降低處理成本。研究開發資源回收技術是解決農藥行業污染的途徑之一。
合成一種農藥產品，能產生特征污染物的只是局部一兩個點，主要以廢水形式產生，水量小、濃度高、毒性大，可將該類廢水單獨收集、單獨處理。應研究開發針對每一種農藥特征污染物的處理技術，去除率要求很高，特征污染物含量應該以PPB級控制，在特征污染物處理上力爭與國外發達國家接軌。
目前國內農藥行業技術可行、經濟合理的高濃度廢水預處理技術很少。因此，高濃度廢水預處理與資源再利用技術結合會有廣泛的應用前景。
農藥廢水有特殊性，有許多實用環保技術引入農藥行業失敗的例子。許多企業都有閑置廢棄的環保裝置，浪費了大量資金。農藥廢水治理應針對水中的特殊成分，開發、研究處理技術，不能照搬、套用通用技術。廢水處理的過程應是化學過程。
