微生物肥料含有益微生物菌種和多種代謝產物，其菌體能在農作物體表和根際生存，并利用其生命活動及其新陳代謝過程，為宿主生長提供必需的營養元素、刺激素、拮抗物、氨基酸、活性酶、多糖等物質的一類微生物產品，在農業生產上具有特定的肥料效應、生長調節效應、防病蟲效應和土壤生物修復效應等功效。中國微生物肥料目前已發展到第三代肥藥兼效型微生物肥料。
微生物肥料可以增加土壤中有益菌數量，把無效養分轉化為有效養分供農作物吸收；平衡菌群結構，改善土壤環境，降解土壤有害物質，疏松土壤提高肥力；誘導和開啟作物次生代謝途徑，增強抗性和防控病蟲害發生，減藥控害；刺激作物內源激素代謝，調理自體生理健康，促生長促早熟，提高品質。微生物的生物轉化、生物防治和刺激生長作用是任何肥料不可取代的，含微生物的肥料是活性肥料，既能固氮解磷解鉀、轉化土壤潛在肥源、促進農作物對養分的吸收利用，降低化肥用量和提高化肥利用率，又能不用或少用化學農藥就能達到有效的抗逆和植保效果。
微生物肥料也有一些值得改進的地方。化肥是農作物吸收的直接營養元素，微生物是通過轉化提供；微生物防病防蟲效果慢，要增產穩產必須與化學農藥相結合。化肥是給農作物施肥，生物有機肥是給土壤施肥，因此生物肥與化肥相結合才能達到種地養地的效果。而且并不是菌數越多越好，關鍵在于有效菌的定殖生存能力及其分泌代謝產物劑量。在使用時，應提早使用，預防效果才好。
