近年來化肥行業發展迅猛，“產能過剩”逐漸取代“供不應求”，成為化肥市場的主調。從而與當初國家制定優惠政策的出發點相背離。不過由于化肥牽動糧食的特殊性，為充分發揮市場配置資源的基礎性作用，保護農民利益，保障國家糧食安全，經國務院批準，決定推進化肥價格改革，建立以市場為主導的化肥價格形成機制。在此政策取向下，國家有關部門對化肥產業優惠政策的調整，提出了分三步走的方案：第一步結合鐵路貨運價格和天然氣價格的調整，最終實現計劃內、計劃外天然氣價格并軌；第二步取消優惠電價，取消鐵路優惠運價；第三步取消增值稅優惠。
2014年年底至2015年年初短短兩個月，三政策兩集中落地，加速了化肥市場化進程。
增值稅方面：2014年7月23日，有關恢復化肥增值稅的征求意見會在京召開，2014年11月上旬磷復會議在寧波順利召開，雖未公布增值稅事宜，但業內普遍認為，恢復征收乃是遲早的事。目前已陸續有企業將該項成本考慮進定價機制內，預計后期政策出臺對市場影響收窄。
鐵路運輸方面：2015年1月29日，國家發展改革委下發了《關于調整鐵路貨運價格，進一步完善價格形成機制的通知》，首次取消了化肥優惠運價，其中磷礦石整車運輸調整為執行2號運價，農用化肥調整為執行4號運價，另外也首次明確農用化肥跨局鐵路運價可以下浮。有市場人士表示此次化肥基準運價上調并允許下浮后，全國各鐵路營業站對化肥的運價漲幅不一，部分線路還有下降。這也充分顯示出了化肥運輸方面的市場化。
出口關稅政策：2015年化肥出口關稅政策再度松動，最大的亮點是取消了化肥出口淡旺季的劃分，全年采用統一的稅額或稅率，其中尿素全年出口關稅80元/噸，磷酸一銨、磷酸二銨全年出口關稅100元/噸，氮磷二元肥全年出口關稅稅率5%，氯化鉀、硫酸鉀出口關稅維持600元/噸，三元復合肥出口關稅維持30%的稅率。關稅的松動有利于緩解國內過剩產能，提高產品的國際競爭力。
化肥行業優惠政策為保證國內化肥供應、服務中國農業所作的貢獻不容置疑，但是綜合考慮能源戰略、環境保護、節能減排和農業可持續發展，重新定位化肥的產品屬性意義重大。目前，隨著化肥行業優惠政策的調整，加快了化肥產業市場化的改革。預計后期隨著市場手作用的發揮，淘汰落后產能、凈化行業隊伍、振興產業，逐步促進整個行業的健康發展。
