2013年，受生產要素價格和市場價格下行“剪刀差”、市場需求不足、產能過剩等因素影響，云南省主要化肥產品出廠價格大幅下降，許多企業出現虧損，行業面臨下行壓力。
放眼全國化肥行業，情形大致相同。2014年及今后一段時期內，產能過剩、原燃輔料和政策性成本增加、出口不暢等因素仍將制約行業發展。尤其是近期，化肥行業遇到幾個突出困難：
一是鐵路運價上調，肥料運輸成本進一步增加。2013年2月20日和2014年2月l5日鐵路運價兩次提高，化肥運價由原來的每噸千米8.26分提高到11.26分，提價幅度累計達36％。以云南為例，磷肥產品到達“三北”市場的成本增加60~90元/噸。
二是化肥出口不容樂觀。盡管新的關稅政策放松了化肥出口控制，但由于國際市場定價權已被進口國掌控，企業淡季出口仍然不容樂觀。
三是用電成本只升不降。雖然很多地區化肥生產用電仍執行比其他行業優惠的價格，但電價逐年提高仍是普遍趨勢。
化肥企業該如何突破困局？答案應該是主動謀變，加快調結構、轉方式的步伐。
目前，化肥行業已基本打破地方壁壘，正在改變集中度低、產品劣質化嚴重、低水平市場競爭的格局，逐漸步入整合期。化肥行業已逐步形成以大型化肥企業為主導的生產經營格局，基礎肥料也正向資源產地和優勢
企業集中。大型企業可通過兼并重組擴大產能與市場份額，資源型企業可通過兼并重組進入產業鏈下游發展。
化肥行業要嚴格標準，抓好產業管理。要嚴格行業準入條件，推進行業結構調整，加大對化肥生產企業的管理力度，適時推進化肥行業能源資源消費情況公告制度，促使企業科學發展、可持續發展。對不符合規劃布局和環保、安全不達標的中小企業，要實行逐步淘汰退出機制，引導大中型企業適度、科學、合理發展，鼓勵企業采用先進適用技術，提高產品質量。
化肥生產企業與流通企業要加速融合、雙向進入，從單一生產、流通型向生產經營型、服務型轉變。未來的產業格局上游是化肥、農藥生產商，中間是生產商自建或現有農資流通企業改造后的綜合服務商，下游是直接的農業生產商。分散的純粹意義上的零售商將逐步減少。
企業還要抓好配方肥的推廣使用，促進農化的有機結合。要加強測土配方肥料的推廣。應采取更多有效的方法，引導和提高大中型肥料企業參與的積極性，實現配方肥料的大范圍推廣和大面積使用。同時，結合基礎原材料優勢，探索農業生產與精細化工之間的聯系，拓展和延伸化工產品在農業中的應用范圍和領域，不斷提高企業的競爭力。
