經過多年發展，我國化肥產業規模持續增長，但行業發展仍面臨不少問題，其中，產業集中度不高，落后產能依然較大。數據表明，目前我國合成氨企業472家，平均規模僅14萬噸，小于8萬噸的企業仍有249家。有磷酸裝置的磷肥企業90多家（其中磷銨企業80家），80%的磷酸生產企業規模不到10萬噸。取得生產許可證的復混肥生產企業4400多家，平均規模不足5萬噸。具體來看，中小氮肥廠技術裝備相對落后，能耗相對較高；小型磷肥廠技術水平和資源利用水平較低，廢渣磷石膏無序堆放對環境影響大；復混肥企業則點多面廣，使得產品質量難以保障。
針對上述問題，《化肥行業“十二五”發展規劃》明確提出，到2015年，氮肥、磷肥和復混肥企業數量大幅減少，大中型氮肥企業產能比重達到80%以上。大型磷肥企業產能比重達到70%以上。2家大型鉀肥企業集團規模進一步壯大。逐步形成以大型化肥企業為主導的生產經營格局，鼓勵大型企業通過兼并重組、淘汰落后及建設化肥基地等方式，進一步壯大行業的經營規模和實力。
按照規劃內容，行業集中度的提高有助于化肥行業健康發展，避免化肥價格大幅波動。到2015年，我國化肥企業數將大幅減少，大中型氮肥企業產能占比達到80%以上，大型磷肥企業產能占比達到70%以上。根據規劃，目前已上市化肥公司在未來化肥市場的話語權會增強。
提高化肥行業集中度，需進一步加快企業的兼并重組。抓住化肥流通體制改革契機，加快促進基礎肥料生產向優勢企業集中，逐步形成以大型化肥企業為主導的生產經營格局。鼓勵大型企業通過兼并重組、淘汰落后及建設化肥基地，進一步壯大經營規模和實力。引導大型能源企業與氮肥企業聯合重組，實現優勢互補，提高競爭力。
另外，在強調需進一步加快化肥企業兼并重組的同時，優化品種結構，確保和提升化肥產品質量也將成為化肥企業未來發展需多注意的重點。規劃指出，“十二五”期間，化肥品種優化主要以提高肥效、提高肥料利用率、降低污染、降低農業成本為目標。主要包括進一步提升尿素、磷銨等基礎肥料的質量，鼓勵發展按配方施肥要求的復混肥和專用肥，重視發展中、微量元素肥料和緩控釋肥料。
