從發展持續農業、有機農業、生態農業的角度來看，生物肥料的應用前景廣闊，擁有巨大的潛在市場。2010年山東、廣東、河北、江蘇、遼寧5個省的有機肥料生產企業占全國有機肥料生產企業的60%左右。中國產業信息網研究員曹思明指出：2012年中國生物肥料市場看好，2010年我國生物肥料需求量近1900萬噸，2011年將達到2100萬噸，預計2012年生物肥料需求量將超過2300萬噸，市場前景趨好。
目前國際上有100多個國家都在發展有機農業，每年約增長20%，是食品行業中最為活躍的一個領域。2007年有機產品認證總面積達到3100萬公頃，有機產品的國際貿易額達到600多億美元。作為有機產品主要消費地的歐盟地區、美國和日本等發達地區和國家，有機產品約60-70%要依靠進口。這為像中國這樣的發展中國家和農產品出口大國出口有機產品帶來了發展機遇，也為有機肥料的使用和推廣帶來良機。
