阿維菌素這種生物農藥在我國市場上已經發展了十多年，由于其高效、低毒、高選擇性的特點，至今已成為人們普遍接受的主流農藥，并被農業部推薦為無公害農藥。
中投顧問化工行業研究員常軼智人為，雖然阿維菌素產品備受市場歡迎，但同時也面臨著一些挑戰。主要表現在害蟲的抗性增強、環境污染嚴重以及生產成本偏高等方面。
首先，隨著阿維菌素的不斷普及，使用規模逐漸擴大，但是，由于使用方法不科學，使得害蟲對阿維菌素的抗藥性漸漸顯露。據相關消息顯示，目前，在長江以南的地區，阿維菌素使用的效果已經大打折扣，害蟲對其抗性非常強，而在北方地區，害蟲也已經表現出了抗性增強的現象。在將來，使用阿維菌素產品的可持續性受到威脅。
以蔬菜小菜蛾為例，蔬菜小菜蛾對阿維菌素的抗藥性隨著選育代數的增加而增加，經 27代后抗性可高達812.7倍。而全國各地區植保站的監測也表明，各地小菜蛾對阿維菌素的敏感性已經逐步下降，甚至達到了中抗水平。
其次，阿維菌素在生產過程中產生的污水和廢渣不能得到較好的處理，使得環境污染嚴重，不符合低碳經濟發展的要求。因此，阿維菌素產業的發展面臨環境保護的問題。
此外，阿維菌素是一個高耗能的產業，據相關數據顯示，其能耗占到總生產成本的30%以上，生產成本比較高，而且菌株的選擇比較困難，也使得阿維菌素的發展受到了限制。
因此，為應對這些問題，我國阿維菌素的相關企業和部門需要加大對阿維菌素使用技術的推廣以及增加環保設施的投入，同時，也要逐步完善生產技術，降低成本壓力。
在國內市場，1995年1.8%的阿維菌素制劑防治無抗性害蟲稀釋倍數在15000倍，現在1.8%阿維菌素制劑防治害蟲的稀釋倍數在2000～3000倍。
