2009年6月30日，鐵道部下發了《國家發展改革委、鐵道部關于適當調整農用化肥鐵路運價有關問題的通知》，決定自2009年7月1日起，適當調整鐵路化肥整車運價。根據新的運價方案，運距越長，增加的運費越多。有資料顯示，全國化肥平均運輸距離約為500公里，以此計算，鐵路運價平均要提高5.65元/噸公里。
四天之后，中石油天然氣業務副總經理馬新華參加2009年全球智庫峰會——中國能源高峰論壇時表示：“目前國內的氣價偏低。2008年國內天然氣的平均出廠價只有0.93元，相當于原油價格的21美元每桶，僅為它的18%，所以國際天然氣貿易的價格遠高于國內的價格。第二個情況就是……從明年開始中石油到中國的邊境價可能在兩塊錢以上，輸到我們中國中部地區價格在兩塊五左右，是目前長慶價格的兩倍以上。”因此，天然氣價格改革勢在必行。
另一個消息是，目前山西省已啟動中國規模最大的煤炭企業重組行動，按照計劃，山西省擁有企業主體的煤炭企業數量將從現在的2200個變成100個左右，山西省的礦井總數將從2598座減少到1000座。
看似孤立的三個事件，無不關乎化肥企業的生產成本上漲問題。此時無論是鐵路化肥運價，還是天然氣價格改革，以及山西煤炭行業的重組整合，對化肥行業的影響是巨大的。原料成本大幅增長已不可避免，隨之而來的化肥行業將面臨大洗牌，要么停產倒閉，要么價格大幅上漲。
流動之困
運輸問題一直是限制化肥企業發展的重要瓶頸之一。主要包括兩方面：一方面是鐵路運價和油價上調，帶來運輸成本增加的風險，另一方面由于運力緊張，資源不能及時到達目標市場。
根據《國家發展改革委、鐵道部關于適當調整農用化肥鐵路運價有關問題的通知》規定，整車農用化肥基價1由4.40元/噸上調為6.40元/噸，上漲了2元/噸；基價2由0.0305元/噸千米上調為0.0378元/噸千米，上漲了0.0073元/噸千米。
鐵路部門貨物運費的計算方法是：整車貨物每噸運價=基價1+基價2×運價千米。其中基價1為起步價，即車輛始發和終到作業費，基價2為噸公里價格。這就意味著，此次調整，化肥產品的每千公里噸價上漲了9.3元/噸，上漲幅度達到了近十年來之最。
對于此次化肥鐵路運價的調整，齊齊哈爾榆樹屯化肥廠技術員于振東表示，2008年7月1日，鐵道部對化肥鐵路運價進行了調整，但那次對所有貨物的運價均進行調整，每噸公里運價率提高了0.3分錢左右，化肥運價率由0.0518元上調為0.0548元。而本次只對化肥一個品種的運價進行調整。雖然是對化肥鐵路運價進行理順，逐步縮小同其他貨物的差距，但企業會由此產生不小的負擔。
2008年7月1日化肥鐵路運價上調時，對化肥市場的影響不是很大。主要原因有兩點：一是2008年的上調幅度沒有這次大。
2008年每千公里運價只上漲了3元，而今年要增加9.3元；2008年4000公里運價只增加10多元錢，今年要增加31.2元，比2008年增加2倍。二是2008年化肥整體價格很高。尿素最高出廠價超過了2600元/噸，磷酸二銨超過4500元/噸，碳銨超過800元/噸，運價在整個價格中所占的比例較小，僅相當于化肥價格的2%～8%，而今年化肥價格大幅下跌后，運價在整個化肥價格中所占的比例大幅上漲，一般都在5%以上，高的超過了10%。
總體來看，這次運價調整對化肥長距離運輸以及碳銨、鈣鎂磷肥、低濃度復合肥、氯化銨、硫酸銨等低價格品種的影響相當大。而化肥行業目前正處于低迷期，國內和國際市場需求明顯萎縮，有些企業還在賠錢維護市場，運價上調政策在這個時候發布，無疑又會對全行業信心的恢復產生一定的影響。對于代理商而言，每噸20元左右的提價經過量的累積，其最終的成本增長也是相當明顯的。代理商能否接受，還是一個未知數。即使接受了，自己埋單的可能性也很小，只會向下游轉移，而終端市場對成本的承擔是以銷售出去為前提的。
本次運價調整后，于振東預計，對阻止全國化肥的到處亂串貨有一定的好處。以前化肥運價低，南方的貨往北方串，北方的貨又往南方流，但中間產生的利潤并沒給消費者。這次運價上調的幅度比較大，會使化肥的流動性減少。
氣肥沖突
天然氣是制造化肥的主要原料之一。眾所周知，中國化肥生產用天然氣是計劃內用氣，價格一直享受優惠政策。雖然近年來隨著化肥企業產能的不斷擴大，享受優惠價格的天然氣比例越來越小，但是企業得到的優惠卻是實實在在的：由于化肥價格大幅上漲，化肥生產企業利潤大幅提高，事實上把天然氣企業的利潤轉移到了化肥企業，對天然氣企業的生產積極性是個打擊，也導致氣、肥企業的矛盾加大。
這種狀況最終可能演變為兩個結果：一是化肥生產企業因天然氣供應不足而減產，從而影響國內化肥產量，使化肥價格繼續上漲；二是可能會效仿煤、電行業實行氣、肥聯動，天然氣價格上漲，而化肥價格也相應地上調。應該說，無論發生上述哪種情況，對以天然氣為原料的化肥生產企業來說都會產生一定的經營壓力。
于是，國內關于天然氣價格將上調的消息滿天飛，甚至有傳言稱，2009年12月份天然氣價格將上調，而此消息仍未經官方證實。但在7月3~4日舉行的全球智庫峰會——中國能源環境高峰論壇上，多位能源專家表示，目前我國的天然氣價格與國際水平相比明顯偏低，如何確定其價格，是我國天然氣工業進一步發展面臨的重要挑戰，我國天然氣價格改革勢在必行。
《中國財富》記者從大慶石化集團了解到，2009年初，國家發改委已就天然氣上漲的問題，向化肥企業發布了征求意見稿。有消息稱，尿素生產用天然氣價格將上調0.4元/立方米左右，而尿素生產成本將至少上調300元/噸左右。
目前，我國尿素生產用天然氣享受優惠價格。據了解，國內以天然氣為原料的尿素企業主要集中在西南及西北等地區，國內各氣頭企業采購的天然氣價格各有不同，計劃外用氣與計劃內用氣的價格差異也較大。以重慶為例。當地尿素廠家計劃內用氣價格為0.7~0.9元/立方米，而計劃外用氣價格為1.2元/立方米。目前國內使用天然氣價格最低的尿素廠家是海南富島，其天然氣價格為0.43元/立方米和0.54元/立方米。
哈爾濱中慶燃氣公司新聞發言人馬維馥接受記者采訪時說，中慶燃氣在大慶的氣源歸屬中石油，作為天然氣的下游企業，一般實行“順價”機制，也就是說，上游漲價下游也跟著漲。2008年，國家有關部門就提出提高天然氣價格，因此他們已經做好了“順價”準備工作，并且已經把調價申請提交到了哈爾濱市物價部門，天然氣價格擬由目前的2元/立方米提高到2.4~2.6元/立方米。“這個價格不是最終確定的價格，還要考慮‘順價’情況、哈市百姓的承受能力，以及特困戶等特殊人群。”馬維馥說。
目前，哈爾濱市民用管道天然氣價格為每立方米2元，民用管道煤氣價格為每立方米1元。截至目前，哈爾濱已完成40萬戶天然氣置換工作，預計2009年9月末置換結束，所有的管道煤氣用戶全部改用為天然氣。天然氣置換工作完成后，哈爾濱市普通民用燃氣價格將統一。
哈爾濱化工公司黨委書記丁志堅對記者說，天然氣價格每立方米上漲1分錢，每噸尿素就將增加成本10元，這就意味著氣頭企業每噸尿素成本增加了約120元。這給化肥企業傳遞的信號是，天然氣價格并軌作為取消對化肥生產企業優惠政策的第一步，已明確表明了化肥價格調控機制改革已為期不遠，化肥企業所享受的各項優惠政策將隨之取消。
所以，化肥生產企業普遍面臨著兩個問題：如何在市場中消化成本上升的壓力？如何在創造更好效益的同時，又不傷及品牌形象和市場的長期利益？
9月10日在西寧舉辦的第14屆全國化肥市場研討會上多個企業負責人表示，目前很多廠家已經到了十字路口，要么在逆市中發展壯大，要么在這一輪行業洗牌中遭淘汰。
會上，國家發改委經貿司副處長吳君楊透露，2008年調查了1484家肥料生產企業，有305家企業虧損，虧損金額達17.7億元，比2007年增長了21.6倍。肥料生產廠家虧損的原因有三方面：一是市場需求大幅下降；二是國際貿易造成損失，比如2008年許多企業大量收購硫磺帶來虧損；三是肥料行業的產能過快增長。
但一些生產廠家表示，在鐵路運價優惠、肥料淡儲制度等方面，生產企業得到的優惠十分有限，而生產成本的不斷走高，則是企業步履艱難的一個重要原因。
