生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。生物有機肥的效果可以歸納為，有利于農產品增產增收，改善農產品品質；有利于培肥土壤、改善土壤物理性質；改善土壤微生態系統；減少農作物病蟲害的發生。
與普通有機肥相比，生物有機肥生產的技術含量相對較高，除了在腐熟過程中加入促進有機物料腐熟、分解的生物菌劑，以實現定向腐熟、除臭等目的，并且在產品后處理過程中加入具有特定功能的微生物，以提升產品的作用效果。同時，相對普通有機肥，生物有機肥的生產成本較高，因此主要應用在蔬菜、水果、中草藥、茶葉、煙草等高附加值的經濟作物上，并取得了較好的效果。
生物有機肥在改善農產品品質方面發揮著不可替代的作用，目前對優質的農產品并沒有完全做到優質優價，這在一定程度上影響了種植戶的積極性，使得生物有機肥的宣傳、推廣遇到了困難。近年來，生物有機肥在一些生態示范區、綠色和有機農產品基地方面得到了應用，這應是生物有機肥今后發展的主要方向。從整個農業產業及肥料市場發展狀況來看，生物有機肥確實是農業用肥的一個發展方向。但此類產品目前處于市場推廣階段，在產品技術含量上要有質的提升。
例如，生物有機肥的市場管理、產品標簽標識等方面也存在一些問題。許多以自然發酵生產的有機肥產品在省里獲得了登記，而在市場上卻冒充生物有機肥銷售，在產品宣傳上夸大強調其中的所謂“功能菌”的作用，嚴重干擾了正常的生物有機肥產品的市場銷售和推廣應用。這也與市場監管力度不足、缺乏必要的檢測手段等直接相關，影響農民選購和應用，限制了生物有機肥產品市場的拓展。
目前，生物有機肥的宣傳和銷售基本上是以企業為主，但企業對市場的開發宣傳及引導能力不足，影響生物有機肥料的推廣應用。雖然近幾年國家加大了對微生物肥料的宣傳，但力度仍然不夠，農民對生物有機肥認識度還很低。同時，部分企業存在著夸大、不實方面的一些宣傳，造成一定的負面影響。加強生物有機肥料的推廣和宣傳工作，使廣大農民認識到使用生物有機肥的重要意義，了解生物有機肥的作用，僅靠個別企業進行宣傳推廣是遠遠不夠的。因此，各級農技推廣部門要加強對生物有機肥的宣傳、推廣，從產品特性、作用功能、施用方法等方面，進行多角度全方位的宣傳推廣。
