1.磷復肥產能過剩，一些地方還在盲目發展。
截至2008年底，中國已建成磷肥生產能力約2000萬噸P2O5，其中磷酸二銨產能約1100萬噸（實物量），而國內需求約600萬噸；磷酸一銨產能1300萬噸，國內需求 在600萬～700萬噸（實物量）。目前，一些地方還在盲目發展。
預計到2010年，中國高濃度磷復肥產能還要增加300萬噸P2O5，國外（北非、中東等地）也將新增產能300萬噸P2O5。國際、國內市場都處于供大于求狀況，今后國際、國內磷肥市場競爭壓力都很大。
2.市場疲軟，高價庫存原料及高價肥導致行業虧損嚴重。
世界金融危機將影響發展中國家對農業的投入，世界化肥消費量將會減少。IFA（國際肥料工業協會）日前發布報告稱，由于世界大環境的影響及農民投肥風險意識的增加，2008～2009年度全球肥料消費量將下降2.2%，其中磷肥將下降4.7%。
國內磷復肥市場也很低迷，需求減少。去年9月份后磷復肥價格暴跌，售價與成本嚴重倒掛，虧損嚴重，企業至今仍處在高價原料產品和市場低迷的困境中，消化高價原料產品還需要一段時間。
3.硫、鉀資源短缺，進口依存度高。
2008年中國進口硫磺841.5萬噸，同比減少12.8%，但仍占世界貿易量的1/3，加上進口硫酸和有色行業進口原料伴生的硫，硫資源進口依存度約為60%。2008年中國進口氯化鉀514萬噸，同比下降45.4%；進口硫酸鉀10.5萬噸，鉀肥進口依存度近60%。
4.與國外產磷國相比，中國磷肥產業集中度還很分散。
中國有磷酸裝置的企業約130家，其中磷銨企業近100家，與美國、摩洛哥及前蘇聯等產磷國相比，中小企業多、規模偏小，產業集中度還很分散。
5.創新能力不強，擁有自主知識產權的專利技術少。
由于企業規模偏小，研發力量不足，缺乏自我創新的經濟實力，真正擁有自主知識產權的專利技術不多。
6.產業準入管理不嚴，低水平重復建設嚴重。
多年來，磷肥產業建設與優化調整思路、地方及企業分散決策的問題一直沒有得到很好解決。項目建設由企業、地方自主決策，行業引導弱化，行業準入無人管理，造成產能過剩，產業結構問題突出。
