一是產業結構層次、產業集中度低，集約化發展、資源優化配置、行業整合重組滯后，產品結構不合理，初級產品比重仍過大，高附加值精細磷化工產品發展相對遲緩。
二是磷肥產能過剩嚴重，原材料漲價成本性推動產品價格高企又導致國內需求萎縮，但很多地方和一些民營企業仍在盲目發展。市場競爭加劇，磷肥行業進入重新洗牌階段。
三是為保證國內供應，抑制肥價波動，減輕農民負擔，保障糧食安全，國家采用加征100%出口關稅的嚴厲調控手段限制磷肥產品出口，使磷肥生產下降，企業庫存增加，資金嚴重短缺，全行業陷入前所未有的困境。
四是磷礦資源日益短缺。我國是磷資源大國，但資源“豐而不富”，在技術上可以利用、真正具有經濟價值的磷礦儲量為40.54億噸，僅占總儲量的22%。資源短缺與浪費并存，給可持續發展帶來壓力。
五是磷肥產業區域環境容量有限，生態環境脆弱，承載能力較低，稍不注意就會帶來環境污染問題。規模擴張給生態環境帶來巨大壓力。
