生物農藥雖然對人的毒性較低，但其對環境的危害也不容忽視。
在一般意義上，人們普遍認為生物農藥對環境和生態是安全的，其實不然，生物農藥只是較其他農藥種類稍微安全一些而已。
人類使用農藥是從生物農藥向化學農藥發展的。人們對天然產物的直接利用可追溯到公元前7～5世紀，三大植物殺蟲劑（除蟲菊、魚藤、煙草）也已被應用數百年了。20世紀40年代，化學農藥效果明顯的優勢使得天然物質的農藥開發利用處于低潮。但是，由于化學農藥的高毒性，再加之人們對環境保護意識的不斷增強，到了20世紀70年代，人們對生物農藥再度發生興趣，從而使生物農藥再次煥發生機。雖然生物農藥有著同環境的相容性比較好、對人類的毒性比較低等優點，但也不可忽視其對生物的危害性。如使用雷公藤、煙草堿制成的生物農藥對鳥類、蜜蜂、蠶的毒性都比較高，有些生物農藥的毒性甚至比化學農藥還要高。因此，全面評價環境安全，就必須注意到生物農藥的使用問題。如果不注意此問題，不但會造成生態環境嚴重失衡，而且最終對人類的危害也是在所難免的。因此說，生物農藥也不等于就是安全農藥。所以，發展生物農藥也要有個興利除弊的問題。
發展生物農藥，在生產上要力求高效、安全、廉價。另外，還要加強管理，如果管理不好照樣會出問題。目前，我們的管理水平還不很高，使用者農民的文化素質還有待提高，特別是讓廣大農民都了解生物農藥的不安全性方面還有大量的工作要做。同時，要使生物農藥更安全可靠，研發部門、生產企業還有大量的工作需要做。
當前在國際上生物農藥的使用量還很小，在國內也是如此。化學農藥在相當長的歷史時期內還將處于主導地位。不過，由于使用生物農藥對農作物的毒性小，降低了對人們的直接危害，因此，生物農藥的發展前景還是很樂觀的。可越是如此，我們越要注意到它對一些生物的危害，以免造成意想不到的后果，給發展此項事業和環境保護帶來負面影響。
