南方農村報記者對照了新舊標準，發現在大方向上主要存在五大差異：一是新標準進一步明確了有機無機復混肥的范圍。新標準明確指出，此標準適用于以人及畜禽糞便、動植物殘體、農產品加工下腳料等有機物料經過發酵，進行無害化處理后，添加無機肥料制成的有機-無機復混肥料。不適用于添加腐殖酸的有機-無機復混肥料。
二是新標準將有機-無機復混肥料產品分為Ⅰ型、Ⅱ型，并分別規定了指標。Ⅰ型總養分(N+P2O5+K2O)的質量分數≥15%，有機質的質量分數為≥20%；Ⅱ型總養分(N+P2O5+K2O)的質量分數≥25%，有機質的質量分數為≥15%。
三是在新標準中，將舊標準中的“大腸菌值”改為“糞大腸菌群數”，按GB/T19524.1進行測定。
四是新標準將舊標準中的蛔蟲卵死亡率改為按GB/T19524.2進行計算。
五是新標準進一步細化了產品包裝標識的規定；如，對標稱硫酸鉀(型)、硝酸鉀(型)、硫基等容易導致用戶誤認為不含氯的產品不應同時表明“含氯”；含氯的產品應用漢字在正面明確標注“含氯”，而不是“含Cl”或“Cl”等，表明“含氯”的產品包裝帶容器上不應有忌氯作物的圖片。
除了這些大方向上的差異之外，新標準還對一些技術指標做了細致更改，這也引發部分業內人士的不解。一位肥料生產企業負責人表示，一般來說，新標準的制定都是由于舊標準不再適應行業的發展，從而進行修訂，總體上門檻提高，但此次新標準中多項技術指標卻放寬了限制，有降低行業準入門檻的嫌疑。
記者發現，這些差別主要體現在：其一，含量標準降低。在新標準中規定“有機質≥15%，總養分(N+P2O5+K2O)含量≥25%”，而舊國標規定“有機質≥20%，總養分≥15%”。有企業認為，有機質含量要求降低其實是降低行業準入門檻，可能導致部分不法廠家采用更為低劣的有機原料，如生活垃圾、城市污泥等以降低生產成本，如果監管不力，勢必導致農戶購買到劣質有機無機肥料的幾率增加，同時還會造成土壤的二次污染，從而影響整個行業的發展。
其二，水分標準降低。新標準中的水分標準為≤12%，而老標準是≤10%。對此，有企業笑稱不知道是賣肥還是賣水？而且水分這么大，根本造不成顆粒，即使勉強造成顆粒，也會極易粉碎，而標準還要求造粒，存在自相矛盾的嫌疑。
其三，新標準要求肥料必須是顆粒狀或條狀。對此，有企業認為，有機無機肥本身就是長效肥，不造粒的效果更好，而且成本還比較低。反而是造粒后，很多營養會受到損失，而且更多營養元素難以添加進去。
對上述三大疑惑，全國有機肥專業委員會主任、南京農業大學教授沈其榮進行了回應。他說，有機質含量的降低是充分考慮企業生產實際的結果，當前很多優質有機肥原材料的有機質含量小于20%，而以其為原材料時，生產廠家為了達到標準就不得不在其中另外添加高含碳量的原料，如褐煤、木屑等，這對產品質量提升沒有起到作用，反而增加了企業的成本。因此，在新標準中，就將有機質含量調至15%。
至于水分標準降低和必須顆粒化，沈其榮分析說，對有機-無機肥來說，其中的活性微生物對肥效起很關鍵的作用，而如果水分要求太低，產品就需進行烘干，從而將微生物殺死，大大影響肥效。而產品如果不造粒就會成為粉狀，這樣不僅容易被風吹跑、流失快，而且還不好使用。所以新標準將水分含量要求降低和產品顆粒化，既降低企業生產成本，還可以提高肥料生物效果，是完全科學合理的。
