8月25日，農業部發布部長韓長賦8月22日簽發的2011年第3號令，發布實施新的《農作物種子生產經營許可管理辦法》。新辦法設定的種子生產和經營門檻有四個：注冊資本200萬元、500萬元、3000萬元、1億元。轉基因農作物種子生產、經營許可規定，將由農業部另行制定。
自2010年9月30日，農業部種植業管理司公開征求《農作物種子生產經營許可證管理辦法》（修訂稿）意見開始，在種業界引起了巨大震動。
公告稱，《農作物種子生產經營許可管理辦法》已經2011年農業部第四次常務會議審議通過，現予公布，自2011年9月25日起施行。農業部2001年2 月26日發布、2004年7月1日修訂的《農作物種子生產經營許可證管理辦法》（農業部令第48號）同時廢止。在新辦法施行前發布的有關種子生產、經營許可的規定與新辦法不一致的，適用新辦法。
新辦法規定，主要農作物雜交種子及其親本種子、常規種原種種子的生產許可證、經營許可證，由生產所在地縣級農業行政主管部門審核，省級人民政府農業行政主管部門核發；其他主要農作物的種子生產許可證由生產所在地縣級以上地方政府農業行政主管部門核發；種子進出口業務經營許可證，選育、生產、經營相結合注冊資本達到1億元以上的公司的種子經營許可證，由種子經營者所在地省級人民政府農業行政主管部門審核，農業部核發。種子生產許可證有效期3年，經營許可證有效期為5年。
申請雜交稻、雜交玉米種子及其親本種子生產許可證、經營許可證的，注冊資本不少于3000萬元；申請其他主要農作物種子生產許可證的，注冊資本不少于500萬元；申請非主要農作物種子經營許可證的，注冊資本不少于 200萬元；從事種子進出口業務的公司申請種子經營許可證，注冊資本不少于3000萬元，固定資產不少于1000萬元；實行選育、生產、經營相結合，注冊資本達到1億元以上的公司，申請種子經營許可證的，固定資產不少于5000萬元。
生產的品種必須通過品種審定；生產具有植物新品種權的種子，還應當征得品種權人的書面同意。
新辦法施行之日前已取得農作物種子生產許可證，且有效期在新辦法施行之日至2012年4月1日屆滿的企業，種子生產許可證的有效期自動延展至2012年4 月1日；已取得農作物種子經營許可證，且有效期在新辦法施行之日至2012年9月25日屆滿的企業，其種子經營許可證的有效期自動延展至2012年9月 25日。
與修訂稿相比，非主要農作物種子經營許可證注冊資本由500萬元降為200萬元。
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新辦法規定，在許可證有效期內，種子生產、經營者停止生產、經營活動1年以上的；種子生產、經營者不再具備本辦法規定的許可條件，經限期整改仍達不到要求的，發證機關應當注銷許可證，并予以公告。
