目前，草甘膦面臨來自市場的巨大壓力，國內相關生產企業都在面臨調整，我認為，企業要重點關注草甘膦產品的抗性、資源和品種這三個問題。
抗性
草甘膦由于長期使用產生抗性，為其他轉基因作物用農藥及一些選擇性除草劑提供了機會。
抗草甘膦轉基因作物已在23個國家的1.14億公頃土地上種植。目前，已發現對草甘膦具抗性的雜草有35種。
由于抗草甘膦轉基因作物的殘存根茬、種子存在，會形成抗草甘膦的“自生作物”，其會嚴重影響產量、品質，需使用抗其他除草劑的轉基因作物，如草銨膦。另外，一些抗草甘膦作物會與某些雜草雜交，產生了抗性雜草。同時，已知有脫羧酶對草甘膦有抗性，而新的草甘膦抗性機制也會不斷形成。如報道一種新的細菌酶GDC-1和GDC-2，它們經代謝鈍化草甘膦，此二種酶和已知的脫羧酶同源。
資源
草甘膦的主要資源為磷，這是一種非再生資源，經消耗會越來越少。磷更是一個重要戰略物資。
據美國地質局統計，世界磷酸鹽巖經濟儲量為180億噸，基礎儲量為500億噸（前者指開采成本低于35美元/噸的礦；后者為低于100美元/噸的磷礦）。全球磷灰石儲量最大的五個國家依次為摩洛哥、中國、美國、南非和約旦。
考慮到磷資源的長遠用途，全球主要產磷國家（美國、摩洛哥）產量多呈下降趨勢，而中國則增長最為迅速。2007年，全球磷酸鹽巖產量下降了400萬噸，而中國卻增加了460萬噸。中國高品位磷資源按現在用量則只能保證未來20年使用。
為此，人們積極開發一些非磷的非選擇性除草劑來替代含磷非選擇性除草劑用于轉基因作物上。
品種
人們在繼續發展轉基因作物同時，還積極開發抗其他除草劑的轉基因作物。同時，開發其他非選擇性除草劑用于替代草甘膦等。
已知的有抗草銨膦、草硫膦、溴苯腈等非選擇性除草劑的轉基因作物。其中草銨膦為至今未發生抗性的品種。
巴斯夫和陶農科公司開始進行ALS抑制劑（磺酰脲類、咪唑啉酮類、嘧啶磺胺類、嘧啶水楊酸類、三唑嘧啶類、磺酰胺羧酰、三唑酮類）的抗性作物的田間試驗。其作為草甘膦的補充，或在雜草不構成嚴重威脅的地方使用。巴斯夫公司和巴西作物科學院宣布共同研究ALS抑制的抗性大豆和甘蔗，將在2011年上市。
抗對羥苯基丙酮酸鹽雙氧化酶（HPPD）抑制劑除草劑(主要抑制八氫番茄紅素去飽和酶和類胡蘿卜素酶)。1999年已開始田間試驗。2007年11月拜耳公司與 Mertec,M.S.Tech公司共同開發。此類除草劑主要品種有磺草酮、甲基磺草酮、異噁唑酮等。
抗乙酰輔酶A羧化酶（ACC酶）和激素類除草劑。正在研究開發之中。品種有烯禾啶、吡氟禾草靈等。
抗原卟啉原氧化酶（PPO）抑制劑:此類除草劑沿用了40年，抗性雜草發展較慢，此類除草劑可進行土壤處理，是草甘膦的補充。現已研究出了抗PPO抑制劑的玉米、水稻。主要品種有乙氧氟草醚、氟磺胺草醚、丙炔氟草胺、氟烯草酸等。
P450酶抑制劑具有開發抗此類作用除草劑作物的潛力。已發現對敵草隆產生抗性的作物。還發現轉450酶基因的大豆對眾多除草劑表現抗性。
尤其值得關注的抗兩個除草劑的轉基因作物：2，4-滴、麥草畏，已開發了抗2，4-滴的作物，估計不久可上市。另抗麥草畏（土壤中易降解）的轉基因大豆可耐2.8千克/公頃劑量的麥草畏。估計抗麥草畏的大豆、玉米可在2012年上市。
以上品種將對草甘膦形成相對威脅，也是發展趨勢。
專家認為，農民將不會單一用草甘膦，必須使用多元化雜草防除。因此，一些公司在開發抗草甘膦的同時，也開發其他作用模式的抗除草劑作物，并使用多元化方法控制雜草。此也是今后發展方向。
