雖然剛剛在與農業主管部門的官司中獲勝，云南省農業生產資料有限責任公司有關負責人仍顯出幾分無奈。因為長期以來困擾化肥生產經營企業的多頭管理問題仍無法得到解決。
不久前，云南省宣威市人民法院開庭審理了云南省農業生產資料有限責任公司告政府農業主管部門的案件，并當庭宣判農業局撤消對企業的罰款，成為我國化肥營銷企業告贏農業部門的第一案。記者采訪了解到，這起案件的根源就在于化肥生產經營的多頭管理。6月11日，云南省化工行業協會復混肥分會負責人高孔亮在接受采訪時表示，協會已就此事上報中國磷肥工業協會，而中國磷肥工業協會也于近日上報國家發改委，希望取消一直以來困擾化肥生產經營企業的多頭管理。
2009年3月20日，云南省宣威市農業局在檢查中發現，云南省農業生產資料有限責任公司宣威經營部經營未取得肥料登記證號的肥料產品：云南龍山化肥有限公司生產的通用復混肥料。宣威市農業局根據《肥料登記管理辦法》給予經營單位警告并罰款人民幣2萬元的處罰，同時查封了其所經營的云南龍山化肥有限公司的通用復混肥70噸。對此，云南省農業生產資料有限責任公司宣威經營部不服，并對宣威市農業局提起了行政起訴。
云南農資公司宣威經營部的代理律師吉龍華表示，宣威市農業局所做處罰決定缺乏法律、行政法規依據。他們的處罰依據的是《肥料登記管理辦法》(2004年7月1日修訂)，而該《辦法》沒有上位法的依據。1993年7月2日起實施的《中華人民共和國農業法》沒有任何關于肥料登記方面的規定；修改后的《農業法》第二十五條規定，農藥、肥料、種子、農業機械等可能危害人畜安全的農業生產資料的生產經營，依照相關法律、行政法規的規定實行登記或者許可制度。
業內人士指出，本案雖然是化肥經銷商告農業部門，但實質卻是由農業部《肥料登記管理辦法》與《中華人民共和國工業產品生產許可證管理條例》管理交叉重復所引起的。目前的情況是：一個復混肥料或有機—無機復混肥料生產企業，須向質量技術監督局申請辦理工業產品許可證，還必須向農業部門申請辦理肥料登記證，否則就將被罰款，對此廣大化肥生產企業很有意見。據了解，按照辦理肥料登記證的規定，復混肥料和有機—無機復混肥料需要每一種型號辦一個證，一般企業要辦理十多個登記證，大的企業要辦理上百個登記證，要花費十幾萬元甚至幾十萬元，增加了企業的負擔。
業內人士透露，農業部門《辦法》執行起來很難做到公正、公平，容易產生腐敗。農業部門委托各地農業三站的人員來執行《辦法》的監管，而目前縣以下的農業三站大多建設了很多生產廠，很多人搞肥料經營。在執行過程中，他們既是運動員，又是裁判員，很難做到公正、公平。如本案中宣威市農業局執法人員又身兼配肥站負責人。
云南農資公司宣威經營部負責人說，自宣威市農業局處罰、查封他們所銷龍山復合肥后，原購買的農戶紛紛退貨，要求賠償，并一致認為該經銷商在賣假貨，對經銷商和公司經營部的聲譽造成非常惡劣的影響，給公司造成直接間接損失近20萬元。
在采訪中，其他一些化肥生產和經營企業也表示有過類似的遭遇。化肥生產企業云南祥豐化肥公司的負責人說，企業的經銷商不堪承受罰款，罰款的費用只好由企業承擔，他們不得不忍氣吞聲。各地農業部門對企業的罰款金額不一，使企業將大部分精力和金錢花在與農業部門的周旋協調上面，對正常的生產造成很大的影響。為此，他們希望有關部門能按照今年3月份國家發改委等十部委聯合發出的《關于做好當前春耕化肥供應工作的通知》精神，各部門各司其職：工業部門組織化肥企業搞好生產；農業部門組織好測土配方施肥工作，指導農民科學施肥。
楚雄龍潤豐化肥公司的負責人認為，化肥生產執行生產許可證管理，企業必須辦理工商管理部門注冊手續，取得營業執照，還要取得環保、安全、衛生等有關部門的許可，才能從事生產、銷售。化肥生產質量管理執行國家標準、行業標準，化肥質量監測部門對生產企業實行定期、不定期抽查，公布檢測結果，并有相關處罰規定。而農業部門的《辦法》屬重復管理，有行業壟斷的嫌疑，同時也是越權行為。
據云南省化工行業協會復混肥分會負責人介紹，農業部門的《肥料登記管理辦法》一經實施，便引起了眾多化肥企業的異議。2005年9月，云南化工行業協會向國務院法制辦呈遞了報告，要求廢止或修改該《辦法》；2006年9月，農業部試圖將《辦法》（規章）升格為《條例》（行政法規），但由于遭到廣大化肥企業的反對而不了了之；2006年2月中國磷肥工業行業協會、2008年7月云南化工協會均寫報告給國務院法制辦，要求廢止或修改《辦法》，卻一直沒見下文。
中國磷肥工業協會負責人張永志表示，按照國務院常務會議精神，應修改或廢止農業部《肥料登記管理辦法》。如果農業部不修改《肥料登記管理辦法》，希望國家發改委和國務院法制辦等相關部門能盡快形成共識，取消對化學肥料的登記，給企業、經銷商一個公平、公正的市場競爭環境。
