我國是農業大國，國家對化肥工業大力支持。有報道稱，為促進化肥產業健康發展，國家有意在2009年和2010年分兩批建立中央化肥儲備，每批的儲備量為500萬噸。中央化肥儲備不僅可以保證化肥充足供應，而且政府可以掌控化肥價格。進入國家儲備庫的化肥，可以成為國家調節市場供求、引導市場價格的重要砝碼，從而維護化肥市場穩定。
同時，國家也相繼出臺了一系列指導化肥市場的政策，例如自2009年1月25日起，將國產化肥出廠價格，除鉀肥外的進口化肥港口交貨價格由政府指導價改為市場調節價。化肥批發、零售價格繼續實行市場調節價。取消對已放開的化肥出廠價格實行提價申報、調價備案、最高限價以及對化肥流通環節價格實行差率控制等各項臨時價格干預措施。繼續對一般貿易進口鉀肥價格實行適度監管。國家還保留著促進化肥生產流通的各項優惠政策，如暫時保留對化肥生產用電、用氣和鐵路運輸實行的價格優惠政策以及對化肥生產、流通實行的稅收優惠政策。
鐵路運輸中，國家給予一定的優惠政策并免收鐵路建設基金，化肥鐵路運價僅相當于同類化工品的30％左右。
2008年12月1日，國家再次調整了化肥出口關稅政策。在新的稅率方案中，我國化肥產品從2008年12月1日到2009年底設立基準價，磷酸一銨和二銨的基準價為3700元/噸和4000元/噸，尿素的基準價格是2300元/噸。尿素、磷酸一銨和二銨在淡季期間，如果出口價格不高于基準價格時，關稅稅率為10%；當出口價格高于基準價格的時候，稅率將按照計算公式[（1.1－基準價格/出口價格）×100]來測算。
國家綜合考慮化肥、柴油等農資價格和糧食價格變動對農民種糧收益的影響，實行農資價格上漲與增加農資綜合補貼和提高糧食最低收購價、臨時收儲價等掛鉤機制，農資綜合補貼只增不減，確保農民種糧收益不因農資價格上漲而下降。從2005年7月1日起，對尿素生產企業的增值稅由先征后返50％改為全額免征。
