國家財政部于2008年11月13日發出通知，從12月1日起調整化肥及部分化工產品的出口關稅。根據新方案，化肥出口將從12月起設定淡季基準價，同時將之前化肥產品125%~185%(9月到12月底)的關稅稅率，下調為10%到110%，執行時間截止09年年底。
此次調整后，三類主要化肥尿素、磷酸一銨和磷酸二銨的價格在旺季的出口關稅稅率是110%，其中三種化肥產品的旺季暫定關稅稅率為35%，特別關稅稅率為75%；淡季期間，如果出口價格不高于基準價格時關稅稅率為10%；當出口幾個高于基準價格時，關稅稅率按(1.1-基準價格/出口價格)×100來收取。新的稅率方案中，我國化肥產品在08年12月1日到09年年底期間設立基準價，磷酸一銨和磷酸二銨的基準價為3,700元/噸和4,000元/噸，尿素的基準價格是2,300元/噸。
尿素和磷肥的淡旺季時間段劃分有所不同，尿素的旺季為2009年2-6月、9月1日-11月15日，淡季為2008年12月、2009年1月、2009年7-8月；磷酸一銨和磷酸二銨的旺季為2009年2-5月、8-10月，淡季為2008年12月、2009年1月、2009年6-7月、2009年11-12月。
此次調整化肥出口關稅對國內氮肥和磷肥淡季出口有推動作用，而對于旺季而言，110%的關稅稅率仍使得化肥出口難以成行。從目前國際化肥市場來看，關稅調整對氮肥和磷肥的影響也不一樣。目前，國內磷酸二銨價格在3,200元/噸左右，而國際磷肥價格仍在800美元/噸以上(折合人民幣5,400元/噸以上)，國內磷肥價格遠低于國際磷肥價格，國內磷肥出口有價格優勢，這將在一定程度上緩解國內磷肥庫存積壓的問題。相對磷肥而言，氮肥的出口形勢不容樂觀，目前國內和國際氮肥市場價格基本持平，再加上出口關稅和手續費等，氮肥出口沒有明顯優勢可言。
由于國內磷肥企業的磷礦石資源優勢，隨著國際硫磺價格大幅回落，以當前的原材料價格測算，國內企業生產磷酸二銨的成本在2,200元/噸左右，國內磷酸二銨價格09年將回落到歷史正常范圍2,500元/噸左右。對比國際磷肥市場的情況，即使磷肥價格出現20%的下滑，國內磷肥出口價格仍將高于國內銷售價格。預計09年國內磷肥企業出口形勢較好，出口收入對業績提升有幫助。
前期因為高成本硫磺和磷肥庫存的影響，市場對磷肥企業做出了較壞的預期。國家出口的放寬將減輕企業壓力，同時隨著09年需求上升，國內產能過剩壓力消除，行業盈利狀況將有大幅度改善。湖北宜化、云天化以及六國化工庫存壓力和現金流壓力有望消除，國內磷肥價格也有望穩定。
考慮到成本和國際市場氮肥價格，國內氮肥出口仍將困難。由于前期國內尿素價格低于成本，國內部分廠家處于停工獲檢修狀態，停產產能達750萬噸/年，而需求將逐漸回升，預計09年國內氮肥產量和需求將達到平衡，庫存壓力不大。隨著煤炭價格的下跌，氮肥整體毛利率將有所提升，但比08年上半年有大幅下降。有成本優勢的氮肥生產企業有較好的成長性，其中，四川美豐和湖北宜化即將投產的鄂爾多斯尿素項目均屬于氣頭尿素，成本優勢明顯。
本次關稅調整還取消了硝酸銨、硫酸銨的出口關稅，降低了黃磷、磷酸(100%下降到75%)和合成氨的出口特別關稅(從150%下降到75%)，對國內生產企業利好。但國際上硝酸銨價格下跌到160美元，出口機會不大，而國內黃磷價格繼續下滑，價格在14,000元/噸左右。國際黃磷和磷酸需求也比較低迷，目前國際磷酸價格在1,100美元/噸，國內關稅75%情況下可以出口，對國內的黃磷和磷酸價格有一定支撐，但總體改善不明顯。
