一是煤炭等原材料價格大幅上漲極大地推動了化肥生產成本上漲。據安徽合肥市物價局到四方集團等企業調查，主要化肥產品的原材料價格目前是漲聲一片，尤其以今年4、5月份為甚，幾乎達到了每隔幾日就有相應的原材料價格或其他制造費用上漲的地步。例如：尿素的主要原材料塊煤和煙煤2007年5月份的價格為900.46元/噸、478.42元/噸，2008年5月份為1180.1元/噸、 636.2元/噸，分別上漲了31.06%、32.98%；復合肥（25%濃度）的主要原材料普鈣（12%）、磷銨、氯化鉀（國產）2007年5月份的價格分別為404.2元/噸、1977元/噸、1963元/噸，2008年5月份為821元/噸、3950元/噸、4700元/噸，分別上漲了 103.12%、99.80%、139.43%；復合肥（45%濃度）的主要原材料普鈣（14%）2007年5月份的價格為472元/噸，2008年5月份為958元/噸，上漲了102.97%。原材料價格上漲使得化肥生產成本急劇增加，以合肥四方集團為例：尿素在2007年第一季度的單位生產成本為1892.8元/噸，2008年一季度為2011.76元/ 噸，上漲了6.28%；復合肥（25%濃度）2007年3月份的單位生產成本為922.18元/噸，2008年3月份為1472.15元/噸，上漲了 59.64%；復合肥（45%濃度）2007年3月份的單位生產成本為1643.6元/噸，2008年3月份為2811.0元/噸，上漲了71.03%。
再如湖南，據湖南省石化行業辦統計，今年上半年，湖南尿素平均生產成本高達2320元/噸，按省內最高限價1825元/噸，再加上每噸60元的補貼計算，每噸尿素虧損435元。為此，湖南省經委、省石化行辦、省供銷社等職能部門提出應對措施和建議：一是嚴格控制煤炭、硫鐵礦、磷礦、鉀肥等化肥生產原（燃）料價格；二是尿素按季節每噸分別補貼200元和500元，要保證價格補貼及時到位，鼓勵企業生產積極性。
二是化肥價格的檢查手段與查處力度遠遠不夠。按道理說，限價政策制訂后，政府部門就應該大力加強對化肥市場的檢查，確保限價得到有效的執行。但從實際情況看，化肥限價的執行情況很差。主要原因有二，其一是限價標準過低，主要氮肥產品尿素的出廠價格采用的還是2006年確定的價格，每噸不超過1725元。但是，近年來化肥用煤炭、天然氣和電力的價格卻在上漲，煤炭價格翻了一倍左右。在成本推動下，1～5月份氮肥行業虧損企業虧損額同比增長40.63%。其二是政府部門缺乏有效的價格監管手段，使得價格檢查形同虛設，盡管形式上轟轟烈烈，一大堆人馬大張旗鼓地到企業、到化肥批發市場、到化肥零售點檢查，但實際效果卻很差。目前化肥價格從出廠價到批發價到零售價全面超限，但物價部門又查處了幾起超限案件呢？又對幾家單位進行了處罰呢？農民對此意見很大。應該說，目前這種常規的化肥價格檢查手段是遠遠不夠了，處罰力度也遠遠不夠，遠遠不能適應形勢的發展，應該加以徹底改進，特別是在檢查機制上要有新的突破。
