近年來，隨著種植制度和耕作方式變化，小麥莖基腐病呈逐年快速加重趨勢，已成為黃淮海麥區生產中主要病害之一，2022年全國發病面積超過4000萬畝，并呈繼續擴展趨勢。要重點抓好保健栽培防病和藥劑“一拌一噴”等關鍵措施，控制病菌前期侵染，降低后期發病程度。
一、加強保健栽培防病
（1）選用抗耐病品種。各地要根據近年田間觀測和抗性鑒定情況，選擇種植適合當地條件的小麥莖基腐病抗耐病品種，或抗逆性強的品種。
（2）合理輪作。常年發病較重的小麥—玉米連作區，每隔 2—3 年，玉米與大豆、棉花、花生、蔬菜等作物進行輪作，重病田改種大豆等經濟作物，切斷菌源連續積累的途徑，降低小麥莖基腐病發生危害。
（3）適當深翻。秸稈粉碎還田，播前深翻。至少每 3 年深翻一次，壓低病原菌基數，降低病害發生危害。
（4）適期晚播。根據當地小麥莖基腐病發生和天氣情況，適當推遲小麥播種期 5—10 天，并適當加大播種量，控制播種深度，適宜的播種深度為 3—4 厘米。
（5）精耕細管。土地深翻后，耙細整平。合理施肥，忌偏施氮肥。天氣干旱有利于發病或加重病情，應及時澆水。鹽堿地區宜采用地表水灌溉。
二、加強種子處理
種子包衣或拌種處理是有效預防莖基腐病的關鍵措施。可結合小麥其他病害的預防，選用含有咯菌腈、戊唑醇、苯醚甲環唑、吡唑醚菌酯、氰烯菌酯、丙硫菌唑、氟唑菌酰胺、滅菌唑等成份的藥劑進行種子處理。如采用苯醚·咯·噻蟲懸浮種衣劑、戊唑醇·吡蟲啉懸浮種衣劑、或吡唑醚·滅菌唑種子處理懸浮劑包衣或拌種，在防治小麥黑穗病或紋枯病的同時，對小麥莖基腐病也有較好的兼治效果。另外，據部分省田間試驗結果，三氟吡啶胺等一些新型藥劑防效較好，各地可在進一步試驗的基礎上，逐步擴大示范應用面積。
三、加強返青期施藥預防
在小麥返青期結合小麥紋枯病、白粉病等苗期其他病害的防治兼治莖基腐病。選用含有戊唑醇、氟唑菌酰羥胺、丙環唑、嘧菌酯、甲基硫菌靈、丙硫菌唑、丙環·嘧菌酯、氰烯·己唑醇、氰烯·戊唑醇等成份的藥劑噴施。施藥時注意調低噴頭高度和方向，適當加大用水量，重點噴施小麥莖基部，確保防治效果。
