產品同質化嚴重，市場競爭激烈。由于水溶肥料的生產方面，國家的準入門檻很低，“一根棍子一口鍋，頃刻就是一噸多”廣被業內人士所詬病；大量水溶肥企業涌入市場，導致從事水溶肥生產的企業良莠不齊：除一直堅持做水溶肥料的企業外，很多農藥企業也躋身肥料生產行業。市場產品同質化嚴重，很多企業陷入了拼指標、拼含量、拼價格、拼銷售概念的困局。一方面，水溶肥企業存活困難，想要提升自身產品品質、服務舉步維艱，另一方面，由于肥料供應鏈條太長，終端農戶購買肥料價位虛高，農產品價位起伏不定，又極大地影響了農民從事農業的積極性
產品與作物實際需求脫節。不同作物有著不同的營養喜好。對于放眼全國市場的企業來說，他們生產肥料時，著眼點僅僅在于是否滿足國家標準，久存質量能否保持穩定，是否有宣傳亮點，而對市場的深耕度明顯不足。同一款肥料在應對不同區域、不同作物、不同施肥習慣的種植戶時，明顯力不從心
肥料生產線差別大。同一企業難以生產作物所需不同類別的肥料。水溶肥料生產設備、有機肥料生產設備、生物肥料生產設備、復合肥料生產設備沒有絲毫相同之處，同一家企業在生產肥料時，很難實現提供作物營養、增加土壤微生物、改良土壤等多種功能的肥料。產品鏈的缺失，導致企業只能以產品為導向設計作物營養施肥方案，而非以作物營養解決方案為基礎設計施肥方案，從而導致研發與應用脫節。
產品流通鏈條太長，肥料效果難以保證。現階段肥料的流通渠道為：成品→工廠庫房→省級批發商→市級批發商→縣級批發商→鄉鎮批發商→用戶。流通環節長，從生產備貨到終端用戶手中，所需時間很長，過期、出現質量問題的產品比比皆是。尤其是長期存放極易變質的微量元素亞鐵離子、活體微生物肥料，長期存放肥效難以保證。
終端農資店對肥料、作物營養知識匱乏。在面對企業專業的營銷工作人員時，終端農資店對企業所提供的肥料品質的辨識度明顯不足，導致零售店的假貨層出不窮，零售店銷售導向唯利是圖，造成種植戶損失的事件比比皆是，更加激化了種植戶與農資零售店之間的矛盾
常年賒銷惡化了市場有序運作。激烈的市場競爭，導致了過渡的市場服務，賒銷成了最低級的主要競爭手段，還沒到使用化肥的時候，賣農資的都給你送到家了，也不管你愿意不愿意，直接給你卸家里，連欠條也不用打，一律年底再收錢。給我送到家賒銷給我肥料的排隊呢！賒出去的是錢，要回來的是氣和風險。農戶害怕買到假農資，那就先賒銷，見效后再說吧。可并不是所有的農資產品都是立馬見效的，所以扯皮現象也是時有發生。農戶欠農資店，農資店欠公司，進一步提升了肥料產品的流通成本。
農戶對作物養分需求并不了解，盲目用肥。在我國，大多數從事農業種植的種植戶文化水平相對較低，在作物營養需求規律方面，知之甚少。而當前企業主辦的培訓會議以田間農技為主，農戶在識肥、用肥方面知識欠缺。在需要大量元素氮的時候，他常常施用了鉀肥。一味地追求產量的心理，導致肥料施用量偏大，肥料利用率地下，土壤條件急劇惡化，作物根部病害逐年加重，從而又進一步加劇了農藥的施用量，不利于食品安全的可持續發展
大量肥料包裝惡化了生活環境。在肥料生產中，尤其是葉面肥的生產中，肥料包裝成本幾乎等于原料成本，而在田間地頭大量廢棄的肥料包裝也給農村環境帶來巨大隱患，企業耗時費力精心設計、農戶花費高額成本購買的包裝卻成為了環境的主要污染源之一
