以前國內化肥行業享受優惠政策較多，主要包括電價優惠、氣價優惠、鐵路運價優惠、免征增值稅優惠四個方面。近年來，化肥市場化改革大幅度加快，目前僅剩免征鐵路建設基金一項優惠，其他政策性優惠全部取消。
去年9月份，取消了化肥稅收優惠，化肥也像其他產品一樣要交增值稅；今年4月20日，化肥優惠電價全部取消；今年11月10日，全面放開化肥用氣價格，化肥用氣優惠又被取消；化肥鐵路運價優惠實際上大部分也被取消，由2號運價改為4號運價，但仍保留免征鐵路建設基金，這是目前唯一的化肥優惠政策。目前，鐵路建設基金征收標準為每噸公里1.9分至3.3分不等，如果這一優惠政策也取消，化肥鐵路運價每千公里運費增加30元/噸左右。
一個行業總是靠優惠政策無法健康發展，從這方面來說，化肥優惠政策被取消實際上是好事。正像這次國家發改委在談到放開化肥用氣價格有何積極意義時，相關負責人所說的：“化肥用氣價格市場化，將進一步提高供需雙方市場化意識，激發市場活力，有利于通過市場化手段推進化肥行業供給側結構性改革。”
另外，優惠政策取消也為化肥關稅下調做了鋪墊。以前對化肥出口征收較高關稅的一個理由就是化肥享受優惠政策，這優惠是給國內農民的，不是給國外的，不應該讓國內來補貼國外。如果化肥要出口，就要將這部分優惠拿出來，所以化肥出口關稅較高�，F在隨著化肥優惠政策基本被取消，不再存在國內補貼國外的問題了，因此，明年化肥出口關稅下調是大概率事件。
