從當前化肥市場來看，存在著三種不良偏向，需要各方注意，并且加以克服：
第一，價格大戰造成企業效益低下。
一是企業為搶占、市場份額“放血壓價”。化肥行業本身應是微利行業，一些企業為了把自己的產品推銷出去，不是從提高產品質量、服務質量方面想辦法擴大銷路，而只是單純靠降價與別人競爭。有的為了獨占市場，甚至以低于成本價傾銷，造成企業虧損，這樣越銷得多，企業虧損就越大。
二是有的企業為了生存，看到別人降價，自己不降怕銷不動，無奈之下也跟著降價。這樣你降我也降，他看我降就再降，我見他降又跟上，形成了惡性循環。降價使得一些原來效益較好的企業現在往往只能維持生產和發放工資；那些只能維持生產的企業降來降去，加之貨款回籠不及時，已是無力運轉。
三是化肥品種供求平衡，商家、農民選購時層層壓價。
目前的化肥價格已到低谷。由于重復建設，有的一個地區有多個磷肥廠，有的地區、縣都有氮肥廠，使得一些經銷商同一種規格肥料就銷好幾個廠家的。這樣農民有很大的選擇余地。價格低當然賣得快。反過來商家給廠家信息：“不降價，銷不動。 ”就這樣商家、農民“聯合”迫使廠家降價。
第二，假劣不止，嚴重影響到農民權益和企業的正常生產。
其一，生產廠家對產品出廠把關不嚴，短斤少兩，含量不達標的現象時有發生。根據有關報道，中小企業抽查合格率比大中型企業平均低15%--20%。農民為了保護自己的利益，盡管進口肥比國產肥價高也爭著要，直接影響到農民施用國產肥的積極性以及國內化肥企業的經濟效益。
其二，制造假冒偽劣產品在一些地方仍有發生。據有關報道，去年質量技術監督部門查獲的假冒偽劣農資產品總值近6億元。有的假冒偽劣產品是由根本不具備基本條件，沒有規模，沒有合格原料和合格工藝的的企業生產的，甚至是由手工土法生產，而且越是名牌優質產品就越有眾多的假冒者追隨。年年打假，年年打不盡，嚴重地干擾了正常的經濟秩序，不但坑害了農民，而且給一些廠家在信譽上造成了嚴重的影響，甚至被搞得無法正常進行生產。
第三，地方封鎖，使得廠家直銷難以進行。
隨著化肥流通體制的改革，原來廠家銷售的合作伙伴也發生了很大變化。現在農資部門有的重組改制，有的被租賃，有的承包到個人。為了搞好化肥淡季儲存，避免經銷商層層批發殺價，抓好貸款的及時回籠，根據國務院有關文件精神，除繼續發揮農資部門的中介作用外，不少廠家面向農村、集鎮建成了自己的產品直銷點，既減少了三級批發的差價，又避免了假冒偽劣產品，很受農民歡迎。但由于地方保護主義作怪，一些地方為了保護本地的化肥廠或維護好本地農資部門的效益，制定了土政策，要當地的工商管理部門不給廠家直銷點發證，或要監督部門經常去查問，搞得你無心經營。有的地方甚至還組織人員設卡、堵截、扣留外地企業的直銷產品，給企業的生產經營造成極大的困難。
