新型肥料的功效是：能夠直接或間接地為作物提供必需的營養成分、調節土壤酸堿度、改良土壤結構、改善土壤理化性質和生物學性質；調節或改善作物的生長機制；改善肥料品質和性質或能提高肥料的利用率。
中國植物營養與肥料學會新型肥料委員會主任沈兵對新型肥料研發推廣中存在的一些重要問題做了一系列的闡述。
緩控釋肥
緩控釋肥并非包打天下，它同樣受到應用區域、作物、季節、施用方法等多重因素的限制，在不同地區、不同作物上，緩控釋肥的效果差異較大，肥效高低在很大程度上由施用技術決定。與此同時，在緩控釋肥制造環節還存在諸多亟待克服的短板。比如，對于有機包膜緩控釋肥而言，作為包膜的有機材料價格昂貴，還會帶來二次污染；硫包衣緩控釋肥會加劇土壤酸化程度，可能不適于南方酸性土壤和菜園，在水田中還會帶來硫化氫毒害；而采用無機包裹的緩控釋肥，最大的難題是控制效果難以保證。此外，無論是硫包衣還是無機包裹類緩控釋肥，都對氮養分含量有局限，不利于配制高濃度的摻混肥。
穩定性肥料
由于土壤環境多變，脲酶抑制劑在田間試驗中未表現出穩定的增產效果。國外學者在綜合了相關數據后得出結論：在那些作物產量潛力大、土壤氮的水平低、土壤和環境條件都對氨揮發有利的地區，施用含脲酶抑制劑的肥料將有最大收益。同樣的，硝化抑制劑也存在類似情況。土壤肥力水平不同、作物種類各異、硝化抑制劑品種多樣和土壤本身等因素，都會帶來硝化抑制劑類肥料增產效果不穩定。
有機肥
大部分以畜禽糞便為主的有機肥發酵之后呈酸性，會加重土壤酸化。從畜禽糞肥中，還能檢出芽孢桿菌屬、大腸桿菌及十多個屬的真菌與一些寄生蟲等。而對于工業廢棄物做成的有機肥，鹽分過高同樣是一個不小的問題，在有些產品中，其中的鈉離子含量高達4%以上。如何讓有機肥更安全、更綠色、更有機，是對生產企業的技術水平和責任意識的一次考驗。
水溶肥
沈兵直言不諱地指出，盲目模仿和工藝落后是這個肥料產業的突出軟肋。大部分企業是根據進口肥的配方進行模仿，極少考慮當地作物養分需求；大部分企業工藝落后，產品簡單混配，易潮解或板結、染色不均、雜質高，水溶性差。而且，在被扭曲的市場競爭機制下，一些企業不是在技術革新上動腦筋，而是走起了旁門左道。諸如為了迎合和誤導農民，大量使用激素類物質，這樣的水溶肥施用之后前期效果明顯，但后勁不足；在原料選擇上，依據不是養分配比情況，而是根據價格選擇原材料種類，導致有效養分濃度低，總養分濃度上不去；更有甚者，一些企業玩起了造假把戲，以硫酸鎂、硫酸鋅等低價肥料添加激素后冒充水溶肥，或者以硫酸鎂、硫酸鋅等低價肥料替代一部分高價生產原料來牟取高額利潤。
新型肥料的發展趨勢與農業發展趨勢密切相關，隨著人口的增長，人類對糧食和農產品需求量增多，只有加快新型肥料的發展速度，才能保證農業生產沿著高產、優質、低耗和高效的方向發展。
