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隨著種植戶對生物菌肥認識的提高，生物菌肥在果蔬生產中的應用越來越廣泛。在農業生產過程中，通過增施生物菌肥，能減少化肥用量、降低生產成本，改良土壤結構，消除土壤板結，提高蔬菜品質等作用。那作物如何合理施用生物菌肥？
　　一、選擇質量可靠的產品
　　菌肥必須保存在低溫、陰涼、通風、避光處，以免失效。有的菌種需要特定的溫度范圍，所以菜農應謹慎選擇菌肥產品。不可以貪圖便宜選擇過期產品，一般超過兩年的生物菌肥要慎重選擇。沒有低溫貯存條件的單位和個人，購買生物菌肥后應在短期內使用。
　　二、使用方法要得當
　　生物菌肥可作基肥，撒施、溝施或穴施；也可作追肥，灌根、沖施、噴施等。生物菌肥穴施效果較好，尤其是土壤中病原菌積累較多時，此外，用生物菌肥蘸根不僅有促進蔬菜根系生長的作用，而且對抑制蔬菜根部病害的發生也有顯著的效果。
　　三、滿足生物菌肥肥效發揮條件
　　菌肥中的菌種只有經過大量繁殖，在土壤中形成規模后才能有效體現出菌肥的功能，為了讓菌種盡快繁殖，就要給其提供合適的環境條件。調控好地溫、土壤的濕度，保持良好的土壤通氣性和適宜的土壤PH值。
　　四、盡量減少微生物死亡
　　施用過程中應避免陽光直射；蘸根時加水要適量。生物菌肥不宜與殺蟲劑、殺菌劑及含有殺蟲劑、殺菌劑的包衣種子合用或混用，使用菌肥后不要再用農藥灌根，以免將菌肥中特定微生物殺死。
　　五、注意施足有機肥
　　有機質是微生物的主要能源，有機質分解還能供應微生物養分。如果土壤中的有機肥施用不足，生物菌就會因食物缺乏而使用效果不良。如果土壤中的有機質供應充足，生物菌肥中的益生菌就會大量的繁殖，從而增強對有害菌的抑制。因此，施用生物菌肥時一定要注意施足有機肥。
　　六、與其他肥料搭配施用
　　微生物菌肥本身養分含量低，必須與其他肥料搭配施用。菌肥除了不宜與碳酸氫銨等化肥混用外，與其它化肥混用還有不少好處。單獨施用較大量化肥或化肥施用不均勻時，容易對作物產生毒副作用，若與菌肥混合后施用，則不會發生此類問題。
　　七、注意適量施用
　　土壤中施入較多的菌肥，雖然不會出現燒根燒苗現象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，會使蔬菜植株體內鹽類積累增加，有害消費者的身體健康，惡化土壤質地，因此，應根據不同作物的需要和土壤養分狀況，科學地確定生物菌肥施肥量，才能達到增產增收的目的。
　　八、不宜將多種生物菌肥同時使用
　　生物菌肥要發揮作用，需要有益微生物大量繁殖才能發揮作用。而微生物與微生物之間存在互生、共生和對抗三類關系，其中對抗關系又包括拮抗、寄生、競爭、捕食等多種類型。要注意不斷補充新的菌肥，如基肥中用過后，可多次追同一種生物菌肥，以壯大菌群，提高防效。

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