巴西最大的港口有桑托斯、里約熱內盧、巴拉那瓜、累西腓和維多利亞。巴西在上述口岸設立了各種形式的自由區，如自由港、自由貿易區、保稅倉庫和轉口區等。這其中最著名的是馬瑙斯自由貿易區。凡進入該區的貨物，其商業發票的提貨單上必須注明“馬瑙斯自由貿易區”(Free Zone of Manaus)字樣，但不允許通過該區向巴西其他地區運送進口貨物。在該區有兩道邊關，第一道是從國外進入特區，另一道是從特區進入國內。一方面允許外國商品從國外進入特區，不受海關管制；另一方面，商品從特區進入國內市場需要辦理進口手續，貨物需經海關檢查，并交納進口關稅。
